综上所述,该合作团队新开发的Spatial-ATAC-seq这一基于新一代测序技术的全新空间组学技术,可用于分析完整组织切片的染色质可达性,同时保留空间信息。 Spatial-ATAC-seq可用于多个生物医学研究领域,包括发育生物学、神经科学、免疫学、肿瘤学和临床病理学,探索不同疾病状态的表观遗传起源,开发针对表观遗传的药...
为了基准测试spatial-ATAC-seq数据,作者将ENCODE数据库中器官特异的ATAC-seq数据投射到他们的UMAP。总体而言,鉴定的聚类与bulk ATAC-seq的投射匹配良好,并且区分所有主要的发育组织和器官(bulk数据和空间ATAC-seq数据之间的一些不一致可能归因于像素中包含多种细胞类型)。作者进一步检查细胞类型特异性标记基因,确定为簇间...
利用Spatial-ATAC-seq技术,首次实现直接在人类扁桃体以高空间分辨率观察到特定的染色质可及性。通过拟时序分析,重构了B细胞激活过程中重要基因附近染色质可及性的时空变化。 图3 人类扁桃体组织空间染色质可及性分析 Spatial-ATAC-seq作为...
在此,我们描述了一种利用下一代测序技术(空间可及染色质测序,即 spatial-ATAC-seq)对组织切片进行空间分辨的染色质可及性分析的方法,该方法结合了原位 Tn5 转座酶化学和微流控确定性条形码技术。通过 spatial-ATAC-seq 对小鼠胚胎进行分析,描绘了组织区域特异性的表观遗传景观,并确定了参与中枢神经系统发育的基因...
近日,耶鲁大学樊荣教授团队开发了结合原位Tn5转位化学技术(ATAC)和微流控确定性条形码的下一代测序方法—空间分辨的ATAC-seq(spatial-ATAC-seq),可对组织切片进行空间分辨染色质可及性分析。该研究已上传到BioRxiv上,文章题为“Spatial-ATAC-se...
在体外产生的细胞因子反应特征的辅助下,使用配对的 scRNA/ATAC-seq 和 ST 分析,我们证明白细胞衍生的细胞因子在离散的、空间定义的、但可能具有不同推断功能的动态 FLS 状态的形成中起关键作用。我们还观察到,与报道的巨噬细胞中炎性细胞因子反应的增强相反,FLS 中的 Notch 激活减弱了细胞因子反应。这一发现可以...
教授团队首次报道了利用组织样本原位编码方法同时分析空间转录组和蛋白组(DBiT-seq)。在表观遗传组领域,樊荣教授团队在2022年开发了两种空间表观遗传测序新技术(Spatial-ATAC-seq和Spatial-CUT&Tag),实现了对基因表达机制方面的高空间分辨率分析。2023年2月23日,樊荣教授团队开发的空间转录组和蛋白组新技术Spatial-CI...
在体外产生的细胞因子反应特征的辅助下,使用配对的 scRNA/ATAC-seq 和 ST 分析,我们证明白细胞衍生的细胞因子在离散的、空间定义的、但可能具有不同推断功能的动态 FLS 状态的形成中起关键作用。我们还观察到,与报道的巨噬细胞中炎性细胞因子反应的增强相反,FLS 中的 Notch 激活减弱了细胞因子反应。这一发现可以...
Spatial-ATAC-seq利用微流控技术将组织进行空间二维编码,并与ATAC-seq技术进行结合,实现了全基因组尺度的染色质可及性分析。 从细胞样品提取到最终数据获得,样品检测、建库、测序等每一环节都会直接影响数据的数量和质量,从而影响后续信息分析的结果。空间组学进一步细化了在空间上的生物研究粒度,不仅能研究正常发育和...
这一收购为10x Genomics带来ATAC-seq技术和相关知识产权。10x Genomics随后也将Epinomics专有的表观遗传技术整合到其Chromium Single Cell ATAC Solution中。在今年10月召开的2018 ASHG年会上,10x Genomics公司详细阐述了新技术和解决方案,包括全新的Chromium Single Cell ATAC Solution。这一产品也成为第一款适用于快速且...