SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
ED 算法和 SNP-index 算法是计算 SNP 位点的 2 种常用算法。由高通量测序获得拟南芥 F 2 代全基因组测序数据,基于 Linux 平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的 SNP 位点数量和 SNP 基因型比例。实验结果表明,通过 ED 算法得到的SNP 位点数量更多,分布更广,相... 文档...
回归拟合，获得关联的阈值，选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域。得到关联区域以后，通过注释信息...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...