SNP-index这个词,作为BSA的最常用的核心算法,给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化,可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果: 上图中,第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果,第三行是两个子代池的△SN...
1、SNP index及△SNP index SNP-index作为主流的BSA定位的算法,最早在2013年被提出(Takagi)。它的基本原理是,构建子代分离群体,经过挑选极端性状构建混池后对SNP进行检测,对各混池进行等位基因频率分析,并与其中一个亲本进行比较。与此亲本不同的基因型所占的比例,即为该位点的SNP-index。从下图可以看到,两个位点...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
ED算法和SNP-index算法计算SNP位点的比较分析——以拟南芥为例 格式:PDF 页数:6 上传日期:2022-05-21 08:51:02 浏览次数:218 下载积分:2000 加入阅读清单 0% 0% 0% 0% 0%还剩1 页未读,是否继续阅读? 此文档由 jybib105 分享于 2022-05-21...
回归拟合,获得关联的阈值,选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域。得到关联区域以后,通过注释信息...
假设我们有一个文本字符串:ABRACADABRA。我们想要构建Ferragina-Manzini Index来加速在这个文本中查找特定模式的操作。 构建后缀数组: 首先,构建文本字符串的后缀数组,它包含了文本的所有后缀按照字典顺序排列。对于文本ABRACADABRA,后缀数组如下: 11: A 10: ABRA ...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
随后进行 PCR反应,引物中包括96种不同的index来区分个体。 [0066] PCR程序为:1×(72℃,9min);1×(98℃,30sec);9×(98℃,30sec;63℃,30sec;72 ℃,3min)。 [0067] (3)每个体的PCR产物经Qubit Fluorometric Quantitation(Invitrogen)定量 后,96个体各取等量混池,用AMPure XP beads(Beckmann)在0.55×留...
$ bwa index -a bwtswref.fa 参数-a用于指定建立索引的算法: bwtsw 适用于>10M is 适用于参考序列<2G (默认-a is) 可以不指定-a参数,bwa index会根据基因组大小来自动选择合适的索引方法 2.2. 序列比对 $ bwa mem ref.fa sample_1.fq sample_2.fq -R'@RG\tID:sample\tLB:sample\tSM:sample\tPL:...