Smith-Waterman算法是一种用于序列比对(sequence alignment)的动态规划算法,用于寻找两个序列之间的最优局部相似性。它与全局比对算法(如Needleman-Wunsch算法)不同,Smith-Waterman算法专注于找到输入序列中的局部相似性区域,而不是整个序列的全局比对。 Smith-Waterman算法的主要应用之一是在生物信息学中,用于比对DNA、RNA...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
回归拟合，获得关联的阈值，选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域。得到关联区域以后，通过注释信息...
2.利用△(SNP‑index)方法获得与枸杞果实基因相关基因序列,构建F1杂交群体,挑选颜色极端个体进行混池测序,进行SNP变异检测分析、SNP关联分析及候选区域筛选,利用△(SNP‑index)算法挖掘枸杞果实颜色相关基因。 [0023]与现有技术相比,本发明的基本定位方法便于能针对基因组区域对候选基因进行准确预测,定位区间小,精度较...
java -jar picard.jar SetNmMdAndUqTags I=$sample.dup.bam O=$sample.dup.sort.fix.bam CREATE_INDEX=true R=$reference.fa VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT # REMOVE_DUPLICATES=true 去除PCR重复 # SetNmMdAndUqTags 设置SAM/BAM文件中的 NM(比对质量)、MD(碱基差异)和 UQ(唯一比对性) 标签,后续过滤可能...
F 1 群体BSA分析除了以上的ED法,SNP-index的算法同样适用 (需要双亲测序数据) 。Xue等 (Xue et al., 2017) 在利用QTL-seq方法定位梨皮颜色性状QTL时,便用到了一种修改版的SNP-index法。对于杂合型亲本而言,相邻SNP位点的Δ(SNP-index)值可能发生正值与负值交替出现的情况,当对一个滑窗内的Δ(SNP-index)取...
SNP-index这个词,作为BSA的最常用的核心算法,给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化,可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果: 上图中,第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果,第三行是两个子代池的△SN...
自2020年3月的低点以来, 标普500指数 (SNPINDEX:^GSPC)上涨了100%以上,现在的价格是其跟踪的12个月利润的29倍以上,是其预测收益的22倍以上。然而,并非每只股票都在挑战其合理的价格极限。有一些定价合理的地区,甚至有一些被低估的股票。金融业是一些优质公司仍然相对