每个混池都得到一组SNP-index数据之后,两个混池相减,即得到了△SNP-index的结果,代表的是两个混池之间SNP基因型频率的差异。理论上说,不与性状相关的位点,△SNP-index的值应当在0左右,代表混池之间不存在差异;而QTL及其相连锁位置的SNP,△SNP-index值应当呈现较高的数值。 不过,通过高通量测序得到的SNP数据通常...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
SNP-index这个词,作为BSA的最常用的核心算法,给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化,可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果: 上图中,第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果,第三行是两个子代池的△SN...