SNP Index是一种基于SNP数据的分析方法,旨在研究特定基因组中与特定性状相关的SNP。 为什么要使用SNP Index? 在分析复杂的性状和基因组选择时,SNPIndex成为一种强有力的工具。传统的遗传标记分析要么只能关注少数标记位点,要么需要许多位点进行联合分析。而SNP Index可以同时关注大量的SNP位点,从而提供更全面的信息。此外,
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
这也是为什么进行SNP-index计算必须依赖于亲本测序数据的缘故。 每个混池都得到一组SNP-index数据之后,两个混池相减,即得到了△SNP-index的结果,代表的是两个混池之间SNP基因型频率的差异。理论上说,不与性状相关的位点,△SNP-index的值应当在0左右,代表混池之间不存在差异;而QTL及其相连锁位置的SNP,△SNP-index...
[2]: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ [3]: https://www.gtexportal.org/home/index.html [4]: A cell atlas of chromatin accessibility across 25 adult human tissues | bioRxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.17.431699v1 [5]: ChromHMM: Chromatin state discovery and...
SNP Index是一种基于SNP数据的分析方法,旨在研究特定基因组中与特定性状相关的SNP。 为什么要使用SNP Index? 在分析复杂的性状和基因组选择时,SNPIndex成为一种强有力的工具。传统的遗传标记分析要么只能关注少数标记位点,要么需要许多位点进行联合分析。而SNP Index可以同时关注大量的SNP位点,从而提供更全面的信息。