SNP Index是一种基于SNP数据的分析方法,旨在研究特定基因组中与特定性状相关的SNP。 为什么要使用SNP Index? 在分析复杂的性状和基因组选择时,SNPIndex成为一种强有力的工具。传统的遗传标记分析要么只能关注少数标记位点,要么需要许多位点进行联合分析。而SNP Index可以同时关注大量的SNP位点,从而提供更全面的信息。
SNP-index作为BSA定位的算法,最早在2013年被提出(Takagi)。它的基本原理是,构建子代分离群体,经过挑选极端性状构建混池后对SNP进行检测,对各混池进行等位基因频率分析,并与其中一个亲本进行比较。与此亲本不同的基因型所占的比例,即为该位点的SNP-index。从下图可以看到,两个位点的SNP-index分别为0.4和1。值得注意...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
从对生物的遗传性状的影响上来看,位于蛋白质编码区的SNP称为编码单核苷酸多态(coding SNP,cSNP)。cSNP又可分为两种:一种是同义cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列,突变碱基与未突变碱基的含义相同;另一种是非同义cSNP(non-synonymous SNP),指碱基序列的改变可以...
这也说明,这两种技术的关系更是协作者,而非竞争者,可以首先利用Droplet RNA-seq方法来鉴定细胞类型,然后由SMART-Seq 方法对细胞群进行更深度的鉴定,进行异构体分析,SNP检测等,即同时使用SMART-seq技术与Droplet NGS技术可以构建一种更加完善的单细胞测序方式!
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而业内有些公司只检测不到10个位点,却号称可以检测20种以上的肿瘤易感风险。也就是说,每种肿瘤平均连1个SNP位点都不到,这种检测肯定不会用NGS来做,成本低了一个数量级。个人认为,这种产品的设计属于典型的掩耳盗铃,比假数据稍微好点,但是明显是不靠谱的。
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SNP-index这个词,作为BSA的最常用的核心算法,给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化,可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果: 上图中,第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果,第三行是两个子代池的△SN...