http://www./class/home/index/series?id=41 我们这期主要是讲重测序数据的GWAS分析,那重测序数据的SNP数目少则几十万,多则几百万上千万,传统的的计算群体结构的软件是structure,计算速度十分感人,如果您的项目是几百个品种,上百万甚至上千万个SNP,可能计算到您毕业都不一定都算完,这里给大家推荐一个算法和str...
通过重新发布UK Biobank基因型估算(我们称其为impulated-v3),我们为遗传学界生成了一套更新的GWAS摘要统计信息。 应用UKB31063和addtl增加了表型的数量。 自定义策展表型(请参阅估算的v3表型) 更自由地包含样本(请参阅估算的v3样本质量控制) 包含更多SNP(请参阅估算的v3变体质量控制) 更新了我们的关联模型(impte...
--RGPL illumina \ --RGPU snpcall \ --RGSM ${sample} && echo "finish ${name} RG" && \ #标记因PCR产生的重复reads,mark duplicates & index # -I 输入排序后的文件 -O 输出文件 -M 输出重复矩阵 #time gatk --java-options "-Xms8G -Xmx16G" MarkDuplicates --REMOVE_DUPLICATES true -I $...
研究使用了265只雄性家鸡,通过Affymetrix Axiom基因分型平台进行SNP分型,得到大量高密度SNP位点进行GWAS分析,最终得到33个候选位点。通过Ingenuity Pathway Analysis(IPA)代谢通路分析,将研究对象聚焦到少数几个基因上,并通过使用DF-1细胞系进行表达量验证,最终成功说明了SORCS2基因与鸡攻击行为之间的关系。 原文出处: Li...
主要参考自:Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述,重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试,并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。 1、安装和环境准备 代码语言:javascript 复制 #安装 Jupyter wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64...
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主要参考自:Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述,重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试,并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。 1、安装和环境准备 #安装 Jupyter wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ...
主要参考自:Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述,重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试,并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。 1、安装和环境准备 代码语言:javascript 复制 #安装 Jupyter wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64...