Fine-mapping,用精细定位来缩小候选功能SNPs的范围,GWAS得到的SNP由于连锁的存在,在大量的SNP中我们并不能确定哪一个真正作用于疾病,需要用Fine-mapping去确定。大多数fine mapping方法都假设每个基因座仅单个变异会影响性状,所以常会在段内只选出一个SNP,其实这不符合实际情况,因为单个GWAS基因座中的多个变异也可能会...
SNP, lmm_Rs = Rs) head(a2) 这里,GWAS结果中,因为没有effect的se的值,所以无法手动运算,下面我们看一下GEMMA和GCTA的fast-GWA,用同样的数据,进行GWAS分析,并手动计算PVE值,和GAPIT中的MLM模型的PVE值进行对比。 3. GEMMA进行MLM模型的GWAS分析 GEMMA进行GWAS分析,分为两步: 第一步:构建G矩阵 第二部:...
开发新的GWAS方法一直是一个活跃的研究领域,将SVs标记用于GWAS也是近期主要进展之一,基于上述的介绍,不难发现SVs已在人类、牲畜和植物的多项研究中被用于鉴定性状表型关联标记。随着测序技术和软件的不断发展,鉴定全基因组范围内的结构变异变得唾手可得,可满足基于动植物群体的SV-GWAS研究,在SNP-GWAS的基础上,实现对...
开发新的GWAS方法一直是一个活跃的研究领域,将SVs标记用于GWAS也是近期主要进展之一,基于上述的介绍,不难发现SVs已在人类、牲畜和植物的多项研究中被用于鉴定性状表型关联标记。随着测序技术和软件的不断发展,鉴定全基因组范围内的结构变异变得唾手可得,可满足基于动植物群体的SV-GWAS研究,在SNP-GWAS的基础上,实现对...
SNP的PVE的计算方法是: PVE = rsquare_with_snp - rsquare_without_snp 这里,我们对结果进行处理,得到: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 a2=fread("05_lmm_gapit/GAPIT.MLM.V3.GWAS.Results.csv")%>%arrange(P.value)#GAPITMLMa2$PVE=a2$Rsquare.of.Model.with.SNP-a2$Rsquare.of...
里面的遗传力分为:family遗传力,SNP遗传力和GWAS遗传力,他们的关系如下: family遗传力可以通过同卵双胞胎、全同胞、半同胞、亲子、甚至F2,BC群体估计。 SNP遗传力是全部SNP的遗传力,混合线性模型中和GBLUP估计遗传力等价,这里我们介绍一下计算方法。 GWAS遗传力是显著SNP的解释百分比,具体可以参考我写的系列博客:GWAS...
大家好,我是邓飞,我们做GWAS的目的是为了找到显著性SNP,然后找到优势基因型,然后利用。 最近,群里面的一个老师,问到了这个问题,很有代表性,这里写篇博客介绍一下: 这里,举一个例子:得到了一个显著性位点,突变类型是A-T分型,也就是有三种基因型:AA,TT,AT三种,这个位点与表型高度相关,得到GWAS结果,哪个位点是...
SNP GWAS 评论 177 最热 最新 董一点生信 UP 置顶周三(10月16日)晚9点,直播答疑解惑。各位同学有关于孟德尔随机化或生信分析的疑问,可以私信我免费预约,到时候直播答疑 2024-10-13 09:28 カリスマガード 哥下一期视频还要多久啊求求了你讲的是真的好啊 ...
全基因组范围内SNP关联分析(GWAS)技术
考虑到以前研究发现GWAS SNP 影响FOXE1和PTCSC2的表达,该团队猜测上面观察到的enhancers可能直接通过与FOXE1和PTCSC2启动子的相互作用,从而调节这两个基因的表达。 于是,他们利用染色体构象俘获技术(chromosome conformation capture,3C),在KTC-1细...