1、SNP index及△SNP index SNP-index作为主流的BSA定位的算法,最早在2013年被提出(Takagi)。它的基本原理是,构建子代分离群体,经过挑选极端性状构建混池后对SNP进行检测,对各混池进行等位基因频率分析,并与其中一个亲本进行比较。与此亲本不同的基因型所占的比例,即为该位点的SNP-index。从下图可以看到,两个位点...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
内容提示: ED 算法和 SNP-index 算法计算 SNP 位点的比较分析———以拟南芥为例*甘秋云(福州理工学院应用科学与工程学院,福建 福州 350014 )摘 要: SNP (单核苷酸多态性)是发生在 DNA 序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。 ED 算法和 SNP-index 算法是计算 SNP 位点的 2...
SNP/单核苷酸多态性分析技术平台: 1.基因突变检测(PCR-测序法) 2.Taqman-MGB探针SNP分型 3.PCR-RFLP酶切SNP分型 4.PCR-LDR连接酶检测SNP分型 5.SNaPshot法SNP分型 6.Sequenom MassArray SNP分型 7. KASP SNP分型 1服务介绍 相关服务与产品 技术文章 文档下载...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...