SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
内容提示: ED 算法和 SNP-index 算法计算 SNP 位点的比较分析———以拟南芥为例*甘秋云(福州理工学院应用科学与工程学院,福建 福州 350014 )摘 要: SNP (单核苷酸多态性)是发生在 DNA 序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。 ED 算法和 SNP-index 算法是计算 SNP 位点的 2...
BSA原理 | BSA (Bulked segregant analysis) 是分离体分组混合分析法,首先是从分离群体中挑出两组仅在某种性状相差最大,其他性状随机分布的个体,每组个体数量大于等于20个,然后对每个混池测序。如果某个基因和目标性状相关度不大,其等位基因会随机分布在两个混池。如果某个基因决定某个表型,可能A主要富集在一个混...
SNP/单核苷酸多态性分析技术平台: 1.基因突变检测(PCR-测序法) 2.Taqman-MGB探针SNP分型 3.PCR-RFLP酶切SNP分型 4.PCR-LDR连接酶检测SNP分型 5.SNaPshot法SNP分型 6.Sequenom MassArray SNP分型 7. KASP SNP分型 1服务介绍 相关服务与产品 技术文章 文档下载...
1、SNP index及△SNP index SNP-index作为主流的BSA定位的算法,最早在2013年被提出(Takagi)。它的基本原理是,构建子代分离群体,经过挑选极端性状构建混池后对SNP进行检测,对各混池进行等位基因频率分析,并与其中一个亲本进行比较。与此亲本不同的基因型所占的比例,即为该位点的SNP-index。从下图可以看到,两个位点...
DeepBSA软件的DL、K、ED、G'、ΔSNP-index等几个算法如何结合分析？我是选择了多个方法重叠的区间，...
利用EMS诱变获得的性状突变体与野生型杂交并自交产生F2群体,在群体中建立目标性状的极端值池,分别对性状极大值和极小池材料DNA混池进行测序,获得差异SNP位点,通过分析SNP index染色体分布情况,获得性状目标位点的突变区间,从而获得目的基因的方法称为( )。 A、
中国人2型糖尿病多基因SNP位点的Meta分析 出版社: 中华医学会糖尿病学分会第二届中青年糖尿病医师论坛论文集 会议名称: 中华医学会糖尿病学分会第二届中青年糖尿病医师论坛 会议地点: 贵阳 查看原文
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
DeepBSA软件的DL、K、ED、G'、ΔSNP-index等几个算法如何结合分析？我是选择了多个方法重叠的区间，...