SNP Index的计算过程通常可以分为以下几个步骤: 第一步:SNP位点选择 选择与目标性状相关的SNP位点是计算SNP Index的首要任务。通常可以通过相关分析、关联分析或基因组关联映射等方法来确定与性状相关的SNP位点。这些SNP位点应该具有较高的遗传效应和统计学的显著性。 第二步:SNP位点加权 在SNP Index的计算中,对不同...
mapping就是映射的意思,这里是指将这些原始读段映射到参考基因组上(上面有说到重测序分析是要有参考基因组的),然后对比一下,对局部基因组进行矫正(估计是检查一些比较大的测序误差),然后将重复的序列标记出来,Duplicate marking(重复标记)是在测序数据处理过程中的一个步骤,用于识别和标记在测序过程中产生的PCR重复或...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
内容提示: ED 算法和 SNP-index 算法计算 SNP 位点的比较分析———以拟南芥为例*甘秋云(福州理工学院应用科学与工程学院,福建 福州 350014 )摘 要: SNP (单核苷酸多态性)是发生在 DNA 序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。 ED 算法和 SNP-index 算法是计算 SNP 位点的 2...
尽管δSNP-Index在许多遗传分析中是有用的,但它也有其局限性。首先,它假设每个SNP位点的变异权重相等,但在实际中,某些SNP可能比其他SNP对表型有更大的影响。此外,δSNP-Index忽略了SNP的连锁不平衡和基因型缺失等问题,这些因素可能影响到实际的遗传距离估计。 总结 δSNP-Index通过欧氏距离提供了一个简洁的框架来量...
bwa index ref.fa #第二步samtools生成.fai文件 samtools faidx ref.fa > ref.fa.fai #第三步 gatk 生成.dict文件 gatk CreateSequenceDictionary \ -R ref.fa \ -O ref.dict #到此,参考基因组的index构建完成。 ### ##下面开始fq(clean data)文件到vcf文件的生成 #1生成bam bwa mem -...
1.一种用于创建核酸序列的索引(index)的系统,其包含: 处理器;和 存储可由所述处理器执行的指令的存储器,所述指令用于: 生成所述索引,其中所述索引包含多个元素(element),且每个元素对应于所述核酸序列的排列(permutation); 接收代表所述核酸序列的数据; 在所述数据中鉴定所述核酸序列的子序列,其中从所述核酸序...
(SNP‑index)|进行枸杞果实颜色基因定位方法,包括通过混池、基因组DNA提取与检测、F1群体极端植株的筛选、BSA测序建库、SNP变异检测分析、SNP关联分析及候选区域筛选的方法进行以北方枸杞为母本(果色为红色),宁夏黄果为父本(果色为黄色)构建获得极端混池材料,利用|△(SNP‑index)|方法获得与枸杞果实基因相关基因...
F 1 群体BSA分析除了以上的ED法,SNP-index的算法同样适用 (需要双亲测序数据) 。Xue等 (Xue et al., 2017) 在利用QTL-seq方法定位梨皮颜色性状QTL时,便用到了一种修改版的SNP-index法。对于杂合型亲本而言,相邻SNP位点的Δ(SNP-index)值可能发生正值与负值交替出现的情况,当对一个滑窗内的Δ(SNP-index)取...