minimap2用conda安装 用conda 去搜deepvariant是能够搜到的,但是安装一直没有成功,最后是用的singularity(singularity的路径问题还是没太明白,有时间需要学习singularity) https://github.com/google/deepvariant/tree/r1.6.1 singularity pull docker://google/deepvariant:1.6.1 示例数据就用草莓T2T那篇文章的数据,自己...
minimap2与samblaster的使用涉及到复杂参数，建议深入研究其功能及参数含义。在使用过程中，注意选取合适的hifi数据片段进行对比，确保数据质量。通过minimap2进行比对，为后续分析提供精确的序列匹配基础。在完成比对后，使用DeepVariant进行SNP和INDEL的检测。DeepVariant结合WGS软件进行操作，可对vcf文件进行多维度...
在探索基因组学分析的领域中，我们时常需要借助多种工具和流程来实现高效且精准的数据检测。本文将重点介绍如何利用 minimap2、DeepVariant 流程，并结合高精度的 hifi 数据，来进行 SNP 和 indel 的检测。首先，我们探讨了如何通过 Graph pangenome 技术捕捉缺失的遗传变异，这项技术对番茄育种具有重要的推...
minimap2用conda安装 用conda 去搜deepvariant是能够搜到的,但是安装一直没有成功,最后是用的singularity(singularity的路径问题还是没太明白,有时间需要学习singularity) https://github.com/google/deepvariant/tree/r1.6.1 代码语言:javascript 复制 singularity pull docker://google/deepvariant:1.6.1 示例数据就用草莓...