1。“很快的谢谢你”方法 - 电话沟通过程中使用简短，直接，生硬的短语，每句话后面都跟“谢谢”，让对方没有时间更多思考，茫然中就接入了。
用的是这个 for i in bk-c-a1 bk-c-a2 bk-c-a3 bk-x-a1 bk-x-a2 bk-x-a3; do ...
求助各位大神,snp显著位点周围的基因怎么call出来? 只看楼主收藏回复 time风的轻吟 探花 11 曼哈顿图画出来了,显著位点不多,周围的基因要怎么找出来呢? 送TA礼物 回复 1楼2017-03-16 17:48 time风的轻吟 探花 11 没人? 回复 来自Android客户端2楼2017-03-20 19:48 ...
module load GATK/4.1.9.0 gatk --java-options '-Xmx500g -XX:ConcGCThreads=10 -XX:ParallelGCThreads=10' HaplotypeCaller \ -ERC GVCF \ -stand-call-conf 30 \ -R /cotton/Liuzhenping/Pan-genome/HC04/HC04.chr.fa \ -I /cotton/PengYaBing/SNP_call/ZY307/ZY307.deduped.cram \ -O ZY307.g...
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
二、GATK的使用流程 GATK最佳使用方案:共3大步骤。原始数据的处理—变异检测—初步分析。 第一大步:原始数据的处理 1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对(mapping) 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。 Bwa比对步骤大致如下: (1)对参考基因组构建索引: 例子:bwa index -a bwtsw hg19.fa。最后生成文件...
腾讯云轻量应用服务器建站教程WordPress博客上线流程 腾讯云轻量应用服务器搭建WordPress网站教程,先安装WordPress应用镜像,然后远程连接轻量应用服务器获取WP用户名和密码,域名DNS解析到轻量服务器IP地址,登陆WordPress后台管理全过程,腾讯云百科来详细说下腾讯云轻量服务器安装WordPress应用镜像建站教程: ...
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源,实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP,所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上,但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢,加上很多时候服务器负荷运行,导致Shiny app打开速度就更慢了,...