module load GATK/4.1.9.0 gatk --java-options '-Xmx500g -XX:ConcGCThreads=10 -XX:ParallelGCThreads=10' HaplotypeCaller \ -ERC GVCF \ -stand-call-conf 30 \ -R /cotton/Liuzhenping/Pan-genome/HC04/HC04.chr.fa \ -I /cotton/PengYaBing/SNP_call/ZY307/ZY307.deduped.cram \ -O ZY307.g...
用的是这个 for i in bk-c-a1 bk-c-a2 bk-c-a3 bk-x-a1 bk-x-a2 bk-x-a3; do ...
:对SNP结果进行校正 第一步: java -jar GenomeAnalysisTK.jar -R hg19.fa –maxGaussians 4 -numBad 10000 (这个参数在最新的GATK版本里面已经没有了,用的时候注意版本,2.8.1里面不用自己设置 这个参数) -T VariantRecalibrator -mode SNP -input ChrALL.100.sam.recal.10.vcf -resource:hapmap,known=fal...
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。 Ha...
小题1:If you want to take English classes, you should pay___ an hour. A．$8 B．$10 C．$15 D．$18 小题2:You want to work in a restaurant, so you should call___. A．Lisa B．John C．Ben D．Sue 小题3:You can se...
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
简而言之,就是分析那些被我们测序“抓”出来的变化显著的基因,究竟是何方神圣。“是骡子是马,牵出来溜溜”。基因也要牵出来溜溜,你才能知道他是干什么的。 举个简单的例子,提到大名鼎鼎的基因卫士P53,你肯定第一时间想到抑癌基因和抗肿瘤效应。再者,当提到PD-1,PD-L1时候,你肯定会联想到肿瘤免疫,以及免疫反应...
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。
事实上,这是目前所有WGS数据分析流程的一个目标——获得样本准确的变异集合。这里变异检测的内容一般会包括:SNP、Indel,CNV和SV等,这个流程中我们只做其中最主要的两个:SNP和Indel。我们这里使用GATK HaplotypeCaller模块对样本中的变异进行检测,它也是目前最适合用于对二倍体基因组进行变异(SNP+Indel)检测的算法。