SNP数据也可用于系统发育方法去研究基因渗入分析;在最近引入的方法TWISST中实施了一种这样的方法,该方法根据它们被相同物种的不同个体支持的程度来权衡局部SNP系统发育的拓扑。 基本概念 基因渗入(introgression) 是在遗传学(特别是植物遗传学)中,指两个基因库间的基因流动,通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期...
该信息还可以帮助识别个体独特的渗入的基因座。 为了量化基因组中滑动窗口的D-统计量,可以使用Dsuite的Dinvestigate命令,我们将它应用于具有最强信号渐渗信号的三个组合,由三种物种Altolamprologus fasciatus(“altfas”),Neolamprologus cancellatus组成。(“neocan”)和Telmatochromis vittatus(“telvit”)。只需输入...
SNP数据也可用于系统发育方法去研究基因渗入分析;在最近引入的方法TWISST中实施了一种这样的方法,该方法根据它们被相同物种的不同个体支持的程度来权衡局部SNP系统发育的拓扑。 基本概念 基因渗入(introgression) 是在遗传学(特别是植物遗传学)中,指两个基因库间的基因流动,通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期...
在上面的命令中,指定了基因型格式的输入文件,-g NC_031969.f5.sub1.geno.gz用-p选项分别指定了要分析的四个物种,并提供了含有样本名称的文件--popsFile samples.txt。该选项--target derived规定,对于四种物种ID中的最后一种(此处为“spc4”)观察到的等位基因应被视为祖先等位基因,因此备选等位基因是衍生的等...
距离上次更新这个专题后,该教程的原作者更新了一下原教程,使用了一个新的,非常好用的工具,Dsuite进行基因渗入分析,这期的推文就和大家一起回顾并学习一下该工具的使用,加深对基因渗入分析的了解。 首先如果你是第一次或者没有看到之前的文章,先去看看渗入分析的背景介绍和该教程所用的数据的相关背景知识: ...