Here, we used single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to decipher the composition and functions of GAMs in murine experimental GL261 gliomas grown in male and female mice. We demonstrate distinct transcriptional programs of microglia (MG), monocytes/macrophages (Mo/MΦ), and CNS BAMs. The ident...
Stimulated CD4 or CD8 T cells from PB clustered in distinct niches that also contained respiratory T cells from severely diseased patients (Fig.4a). To map this integrated data set in an unbiased and systematic manner, we applied Louvain clustering and then investigated cell type-dependent enrichme...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
RNA FISH (Fluorescence in situ hybridization) 技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。 金开瑞利用荧光预标记的短寡核苷酸(长度约20个核苷酸),合并组成探针组(一组可多达48个独立探针)。将探针组与同一RNA靶标结合,即可产生不需要酶反应的信号扩增的强荧光信号,显示RNA或单RNA分子簇的点状斑点。由于阳性信号是由多...
title:Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Sequential Cell Fate Transition during Human Spermatogenesis journal:cell stem cell IF: 21.46 摘要:精子发生产生成熟的雄性配子,对遗传信息的跨代的稳定传递时至关重要的。然而,人类生精过程的发育上的宏观特征目前还是未知的。我们使用了单细胞RNAseq的技术检测了...
Single-cell RNA sequencing analysis identified 12 B-cell subtypes and characterized the transcriptomic heterogeneity of B cells in muscle-invasive bladder cancer (MIBC). The interferon-stimulated B-cell subtype (B-ISG15) and germinal center-associated B-cell subtypes (B-LMO2, B-STMN1) were signi...
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step),Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))
单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例如细胞图谱,表达特征等)。目前该领域涌现了一大批用于单细胞RNA测序分析的方法,随着越来越多方法的出现,如何选择和组合使用这些方...
single-cell RNA sequencingimmune cell typesantigen presentationT cell receptorGiven the many cell types and molecular components of the human immune system, ... Villani, Alexandra-Chloé,S Sarkizova,N Hacohen - 《Annual Review of Immunology》 被引量: 4发表: 2018年 Isoform-level gene expression...
然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的全面细胞解剖结构对于解决肾脏疾病和肾癌的细胞起源至关重要。一些肾脏疾病可能是细胞类型特异性的,尤其是肾小管细胞。为了研究人肾脏的分类和转录组信息,作者迅速获得了肾脏的单...