1. Wu H, Kirita Y, Donnelly EL, Humphreys BD. Advantages of single-nucleus over single-cell RNA sequencing of adult kidney: Rare cell types and novel cell states revealed in fibrosis. Journal of the American Society of Nephrology [Internet]. 2019;30(1). 2. Wolfien M, Galow AM, Mülle...
文章信息: 文章题目:Comparison of cell type distribution between single-cell and single-nucleus RNA sequencing: enrichment of adherent cell types in single-nucleus RNA sequencing. 期刊:Experimental & Molecular Medicine日期:2022 Dec DOI:10.1038/s12276-022-00892-z 摘要: 单细胞核糖核酸(RNA)测序(scRNA-...
一、DNA sequencing DNA序列 RNA和DNA测序的结合可以用于多种目的,例如单核苷酸多态性(SNP)的发现、RNA编辑分析或表达量性状位点(eQTL)的映射。在典型的eQTL实验中,从相同的组织类型跨越相对较多的个体(>50)获取基因型和转录组文件,然后检测基因型和表达水平之间的相关性。这些关联可以揭示复杂性状的遗传基础,例如身高...
这种设定阈值的方法同时也会过滤掉一些支持证据较少的真正融合基因。 2024年3月25日,良渚实验室沈宁研究员、浙江大学计算机学院王海帅研究员,硕士生原溪璐等在Cell Report s Methods上发表了题为Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data的研究论文,开发了Anchored-f...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
今天和大家分享一篇于2022年4月在Genome Medicine 上发表的文章"Integratedanalysisofsingle-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response"。免疫检查点治疗开创了癌症治疗的...
Illumina® Bio-Rad® Single-Cell Sequencing Solution于2017年1月17日在JP摩根健康大会上发布,可一次性检测8个样本,每个样本获得500~10,000个细胞,其劣势是捕获效率仅为3%,但是测序成本相对较低。 ICELL8 Single-Cell System Wafergen公司开发ICELL8 Single-Cell System单细胞分选平台并在2015年12月发布,该平...
随着第二代高通量测序技术(也称Next-Generation Sequencing,NGS)的发展和成本的降低,RNA-seq的应用领域也在不断扩大。现在,RNA-seq已经能够应用于很多RNA层面的研究,包括单细胞基因表达(single cell)、RNA翻译组(translatome)和 RNA结构组(structurome)等。近几年兴起的(令人激动的)新应用也将RNA-seq带入了三维...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
Paul Datlinger, André F. Rendeiro, Thorina Boenke, Martin Senekowitsch, Thomas Krausgruber, Daniele Barreca & Christoph Bock. Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing. Nature Methods, 18, 635–642 (2021)....