二、技术支持部门 (Scientific Operation) 仔细看了一下单细胞基因组学中心下设的技术支持部门:Single Cell Genomics Core Facility,从分离细胞到测序一站式解决,不懂了还有团队指导服务。 而这个部门的背后也有一个终极技术支持:Illumina Bespoke Sequencing (Low Throughput),pipeline 搭建,测序和数据存储,特殊文库构建...
二、技术支持部门 (Scientific Operation) 仔细看了一下单细胞基因组学中心下设的技术支持部门:Single Cell Genomics Core Facility,从分离细胞到测序一站式解决,不懂了还有团队指导服务。 而这个部门的背后也有一个终极技术支持:Illumina Bespoke Sequencing (Low Throughput),pipeline 搭建,测序和数据存储,特殊文库构建...
Single-Cell Genomics With over 40 trillion cells in the human body and hundreds of cell types, cells have nevertheless traditionally been studied using bulk methods at the cell population or tissue level rather than single-cell level. However, the field of genomics and computational biology has ...
RNA-velocity ++ 个人非常喜欢的 RNA velocity,利用 splicing 引入真实的 cell transition 方向。 Image 与之前那些 monocle 等基于表达谱相似来构造trajectory的不同,RNA velocity 是利用转录这一天然的蕴含时间的过程来对 Cell transition 有个刻画。 Image CellRank:思路也很自然结合两者,RNA velocity + 表达谱相似,...
setwd('~/Desktop/SingleCellDeepLearning/单细胞/10X/') 读取数据 这里注意一下,这个代码只读取了一套数据,如果是多样本处理的话要先进行样本整合 # 读取数据 # filtered_feature_bc_matrix 下面应该要有三个文件 # "barcodes.tsv.gz" # 这里注释了每一个细胞的 barcode ...
10X Genomics凝胶微珠设计 所以一个油滴=一个单细胞=一个凝胶微珠=一个RNA-Seq,可以说这就是10X的基本技术原理。 然而市场并不只有一家Single Cell的商业化捕获平台,另外还有BD这个老牌的抗体巨头的Rhapsody平台。这个平台又是依托什么技术,和10X Genomics技术存在什么区别呢?
Allen L Z, Durkin S, Reed S, Torriani F, Nealson K H, Pevzner P A, Friedman R, Venter J C, Lasken R S (2013). Genome of the pathogen Porphyromonas gingivalis recovered from a biofilm in a hospital sink using a high-throughput single-cell genomics platform. Genome Res, 23(5): 86...
we use single-cell genomics from natural samples combined with phylogenomics to infer the evolutionary origin of the phylum Picozoa, a globally distributed but seemingly rare group of marine microbial heterotrophic eukaryotes. Strikingly, the analysis of 43 single-cell genomes shows that Picozoa belong...
Cell by cell: population genetics in the wild Tanja Woyke highlights a 2014 study by Kashtan et al., who applied single-cell genomics to populations of the marine cyanobacteriumProchlorococcus, revealing hundreds of subpopulations with distinct genomic backbones of this wild uncultured microorganism. ...
欧易生物正式推出 10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex单细胞转录组测序技术(以下简称FLEX),采用4%的多聚甲醛(PFA)对细胞进行固定,一步锁定RNA表达状态, 解决了样本储存、多样本批次处理的问题,而且还配备更加实惠的混样测序整体解决方案,并同时解锁FFPE样本的单细胞转录组测序功能!