一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5 以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remo...
使用官方的pbmc3K范例数据,旧版Seurat创建的初始对象大小为58.5M,初始对象的结构如下图。 执行命令options(Seurat.object.assay.version = "v5")后,使用相同数据创建的初始对象的大小为29.1M,而且assays的结构有了明显的不同,如下图。 Seurat v5 目前还不能通过CRAN直接安装,只能通过GitHub进行安装,下面就为大家演示...
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: Seurat_5.0.0.tgz in CRAN SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN 在CRAN网站上将相应的packages下载好,然后选择目录安装的办法...
基于测序(即Visium、SLIDE-seq等)和基于成像(MERFISH/Vizgen、Xenium、CosMX等)的空间数据集分析技术都具有独特的优势,需要根据实际情况选择分析方法。 本次更新,Seurat v5支持空间数据格式,并支持scRNA-seq整合、反卷积和生态位识别的分析技术。 分析流程简化 Seurat v5提供一行代码解决整合数据问题: 4.1 整合数据 obj ...
使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 代码语言:javascript 复制 #查看R包的路径.libPaths()###新建路径,存放seurat_v5getwd()dir.create("~/seurat_v5")#https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html ...
library(Seurat) options(Seurat.object.assay.version = "v5") library(ggplot2) library(patchwork) library(dplyr) library(SeuratData) 还可以使用我们的SeuratData包方便地访问数据: InstallData("stxBrain") 安装数据集后,?stxBrain以了解更多信息: `?`(stxBrain) Brain <- LoadData("stxBrain", type ...
虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf packageinplace of rgdal) Error: package or namespace load failedfor'SeuratObject’inloadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths(...
packageVersion("Seurat") 如果用V5版本,可能会造成的问题: Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中 解决:可以把V5版本的Seurat安装回V4。去https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html下载...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计19条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, ...