install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: Seurat_5.0.0.tgz in CRAN SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN 在CRAN网站上将相应的packages下载好,然后选择目录安装的办法...
而Matrix package就需要Fortran compiler,我电脑没有安装,所以我需要安装fortran编译器。 5). 安装fortran 编译器:(link:https://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/) Download Fortran compiler tool: (根据自己的R版本和电脑系统,下载合适的version。在这个过程中,需要一再强调R版本和电脑系统版本。这个很重要。
Seurat V5暂时还不能通过CRAN安装,通过下面这段代码安装吧。 remotes::install_github("satijalab/seurat", "seurat5", quiet = T) library(Seurat) 还有一些包会在后面的教程中会用到。 remotes::install_github("satijalab/seurat-data", "seurat5", quiet = T) remotes::install_github("satijalab/azimuth...
首先,我按照官网指示去安装,失败了。。。 #https://docs.scvi-tools.org/en/stable/installation.htmlconda create -n scvi-env python=3.9conda activate scvi-envconda activate scvi-env 然后,参考了网上资源,安装成功! 1.首先,建立创建scvi环境,然后一股脑安装些依赖包 mamba create -n scvi python=3.9conda ...
通常Matrix 版本过低,或者没有你需要安装 devtools::install_version("Matrix",version = "1.6.5") 解决完成第二个报错后,大家需要依次安装 1.SeuratObject 2.Seurat remotes::install_version("SeuratObject", version = "5.0.2") remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v5.0.2") 四.结尾 ...
今天我来教大家如何安装Seurat,由于依赖包比较多初次上手安装可能有些些复杂和小状况。不过不用担心,我将手把手教大家如何处理。教程的环境是Linux系统发行版本为Ubuntu。如果您是Windows思路大致是一样的。 二.安装教程由于b站编辑器,对代码类教程支持不足.您可以前往 【生信圆桌】进行查看 教程地址: https://www....
##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remotes::install_github(repo='satijalab/seurat',ref='develop...
首先安装这个SeuratData包,它在satijalab的github上面,代码如下所示: library(devtools)#本地安装需要devtoolsdevtools::install_github('satijalab/seurat-data')library(SeuratData) 如果因为在中国大陆地区上面的代码失败了,就需要想办法找人帮你下载上面的seurat-data离线本地安装包然后本地安装也是一样的效果哈。
转换失败的原因 版本不兼容:Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式,导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。 丢失的元数据:转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。如果这些信息缺失或格式不正确,转换过程可能会失败。