教程的环境是Linux系统发行版本为Ubuntu。如果您是Windows思路大致是一样的。 二.效果预览 小提琴图 散点图 三.开始安装 使用生信云,生信分析更省心轻松;欢迎访问生信圆桌 www.tebteb.cc 了解 3.1选择版本 你可以访问github,在tags中找到你想要的版本 remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v5.0....
今天我以Seurat为为例希望能够让大家看完有所收获。这两天在看单细胞测序的文章,也想着进行一波小复现(跑一下作者的代码),但是这些文章的代码是基于 Seurat v4 版本的,而现在默认用的是 v5 版本,有很多的函数是不一样的,于是搞了一个 Seuratv4 与 v5 共存。
以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remotes::install_github(repo='satijalab/...
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: Seurat_5.0.0.tgz in CRAN SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN 在CRAN网站上将相应的packages下载好,然后选择目录安装的办法...
Seurat V5暂时还不能通过CRAN安装,通过下面这段代码安装吧。 remotes::install_github("satijalab/seurat", "seurat5", quiet = T) library(Seurat) 还有一些包会在后面的教程中会用到。 remotes::install_github("satijalab/seurat-data", "seurat5", quiet = T) ...
Seurat V5的《Nature Biotechnology》 当空转遇上单细胞~ 人类肾脏参考组织图谱 有免疫特征的基质细胞,有没有可能是双细胞? CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱 临床样本+单细胞+空转=IF4.8? 鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析 GPTCelltype:玩GPT4玩出Nature 单细胞注释复写 单细胞注释复写(一):...
Seurat 教程:https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html 虽然cellranger 也可以直接得到单细胞数据分析的结果,使用 Seruat 更加灵活,通过 R 语言交互式的运行,可以实时进行数据探索,更加方便。 二、软件安装 代码语言:javascript 复制 #安装软件 ...
但是对初学者来说,重要的是如何把不同技术产出的表达量矩阵导入到R或者Python这样的编程语言环境里面。今天我们来介绍的是在R语言里面的最流行的Seurat的单细胞流程,第一步就是理解Seurat的空间单细胞对象结构。值得注意的是我们接下来(2023年12月30日之后)的教程都是基于Seurat的V5版本哦: ...
step1:首先浏览器搜索:cran + 包的名称,比如我要搜索seurat,就会看到: step2:进来后,看到有一个Old sources:选项,点开链接 step3:自由安装想要的版本(右键复制链接赋给上面的packageurl) 接下来分别读取 代码语言:javascript 复制 library(Seurat)sce.10x<-Read10X(data.dir='~/four-PBMC-mtx/SRR7722939/')sce...
首先我们下载安装相关的软件,读入数据,数据读取没有什么变化! #install packagesinstall.packages('Seurat')library(Seurat)#安装一些额外的包setRepositories(ind = 1:3, addURLs = c('https://satijalab.r-universe.dev', 'https://bnprks.r-universe.dev/'))install.packages(c("BPCells", "presto", "...