Seurat v5 目前还不能通过CRAN直接安装,只能通过GitHub进行安装,下面就为大家演示Seurat v5的安装和常规scRNA-seq数据的分析。 01 R包的安装与解决报错 #由于目前只是beta版,只能通过github安装; library(remotes) install_github("satijalab/seurat","seurat5") #载入seurat包; library(Seurat) #安装其他范例文件可...
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: Seurat_5.0.0.tgz in CRAN SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN 在CRAN网站上将相应的packages下载好,然后选择目录安装的办法...
所以我们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版本,详见:从零开始配置R编程语言软件环境,而且是在视频号有直播回放,详见: 虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) ...
因为DoubletFinder的更新,只能开始用seuratV5, 估计还要适应一段时间才行,今天用FindAllMarkers时,出现报错,所以记录一下解决方法。 报错: 解决方法: 运行结果可见,已经合并为one layer,后面就不会有问题了 发布于 2024-11-27 12:18・IP 属地广东 更新报错...
目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据,但是V3环境中导入V5环境会报错(缺依赖包)。 目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratObject和CreateAssayObject/CreateAssay5Object,两者的区别在于第一个是需要先options(Seurat.object.assay.version = "v3")指定生成的数据版本,而后者是直接根据函数的不同来指定。
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中,出现了一些关于Matrix package的问题,可以看看本文。 我使用的是macOS, x86_64 1) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org/web/packages/Matrix/index.html下载了安装包, 官网有两个1.6...
packageVersion("Seurat") 如果用V5版本,可能会造成的问题: Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中 解决:可以把V5版本的Seurat安装回V4。去https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html下载...
在更新R语言版本和Rstudio时，我遇到了Seurat包安装的问题。原本依赖的V4版本不再适用，促使我借此机会尝试Seurat V5。在安装过程中，遇到了Matrix版本不匹配的报错，尽管包信息显示已安装1.6-4版本，但通过重启Rstudio解决了问题。对于源自Github的COSG包，下载时的名称与加载时略有不同，需要额外处理。
快速上手Seurat V5 单细胞Figure 1常见图表 细胞的数量由誰决定? 单细胞中应该如何做GSVA? 答读者问(三):单细胞测序前景 答读者问(四):如何分析细胞亚群 答读者问(八):为什么Read10X也会报错? 答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息? 答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件...