seqtk trimfq in.fq > out.fq 注:seqtk对于一些不涉及测序质量的处理,通常都是既支持fasta格式,也支持fastq格式
Seqtk 是一种快速轻量级的工具,用于处理 FASTA 或 FASTQ 格式的序列。 它可以无缝解析 FASTA 和 FASTQ 文件,这些文件也可以通过 gzip 进行压缩。 seqtk日常序列的处理包括,比如:fq转换为fa,格式化序列,截取序列,随机抽取序列等。 官网:https://github.com/lh3/seqtk 一、安装 git clone https://github.com/lh3/...
Seqtk是Heng Li(https://github.com/lh3)大神开发的一款用于处理fasta/fastq文件的工具,因其操作轻便且跨平台,继而受到广大科研人员的青睐,目前这个项目在github上已经被标星602次。Seqtk的安装就和Heng Li大神的图像一样简单 代码语言:javascript 复制 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;cd seqtk;make ...
seqtk 一款快速处理fasta/fastq 文件的小程序 seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.gitcd seqtkmakeThe only library dependency is zlib.
这个功能主要是对.fasta和.fastq格式的文件进行格式化. −l 主要是让序列每行显示多少个碱基 #每行显示60个氨基酸 seqtk seq -l 60 atha.fasta | less -SN -L 将短于x的序列删掉. # 将短于100的氨基酸序列删除 seqtk seq -L 100 atha.fasta | less -SN ...
fastq ids.txt > seq_subset.fastq Where, input.fasta or input.fastq are the name of your input FASTA/FASTQ files, and ids.txt contains the list of sequences IDs (one ID per line) to extract from the FASTA/FASTQ files. The ids.txt can also contains the sequence ID and specific ...
seqtk 一款快速处理fasta/fastq 文件的小程序 2019-05-28 09:38 −... 0820LL 0 656 多行变单行 2019-12-04 22:40 −perl -pe '/^>/ ? print "\n" : chomp' in.fasta | tail -n +2 > out.fasta 参考来源: http://biotrainee.com/thread-291-1-1.html... ...