seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit ...
seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex...
如随机抽取10000条FASTQ序列做NT污染评估。同时他也可以对FASTA序列提取 seqkit sample [flags] 参数: -n, --number int sample by number (result may not exactly match) -p, --proportion float sample by proportion -s, --rand-seed int rand seed for shuffle (default 11) ...
seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
fastq 转换fasta seqkit fq2fa sample-1.fastq -o sample-1.fasta 1. 根据id 提取序列 fasta fastq好像也可以 seqkit grep sample-1.fasta -f id.list 1. id只是一部分好像也可以 比如我这里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignmen...
split2 按序列数量/文件数将序列拆分为多个文件(FASTA, PE/SE FASTQ) stats FASTA/Q文件的简单统计 subseq 通过region/gtf/bed得到子序列,包括侧翼序列 tab2fx 转换表格格式为FASTA/Q格式 translate 翻译DNA/RNA到蛋白质序列(支持歧义碱基) version 打印版本信息并检查是否更新 ...
# fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa# FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,IDseqkit fx2tab -l -g -n -i -H...
根据id 提取序列 fasta fastq好像也可以 seqkit grep sample-1.fasta -f id.list id只是一部分好像也可以 比如我这里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignment length=2375 id.list文件里的id是SRR6236885.sra.9047 这样也可以的 欢迎大家关注...
利用seqkit 惭怍Fasta文件 1.在HLA等位基因中查找sgRNA的PAM 1.1 首先准备一个sgRNA PAM的序列 >sgRNA_N19_NGG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG >sgRNA_N18_NGG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG 1.2 准备HLA文件 文件下载地址见下 https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/download/ ...