FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 。举例:seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.faFASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab举例:seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.faseqkit fx2tab reads_1.fq >reads_1.fq.tab.fqtab格式:ID sequence3)序列信息统计A、序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [...
# 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.f...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取...
之间处理fasta或者fastq时总是自己进行写脚本,比如:fasta-fastaq的转化,根据名称调取fasta序列等;自从发现了seqkit,着实方便,再也不用费时间写脚本。 安装 conda install seqkit 使用 序列操作 (seq) ## 取反向序列seqkit seq test.fa-r>test_re.fa## 取互补序列seqkit seq test.fa-p>test_com.fa## 取反向...
fq2fa:将fastq文件转换为fasta文件。 fx2tab:将fasta/fastq文件转换为tab格式,并显示GC等信息。 grep:使用正则表达式搜索特定序列。通过解压创建二进制文件,赋予其执行权限,并将其移动到目标路径下,即可使用SeqKit。SeqKit的输入文件包括fasta、fastq.gz等格式,以及基因组注释的gtf和gff文件。熟悉...
5. seqkit合并fastq文件夹全部fastq文件 seqkit scat -j4-f fastq_dir > all.fq 6. seqkit转换fasta...
split2 按序列数量/文件数将序列拆分为多个文件(FASTA, PE/SE FASTQ) stats FASTA/Q文件的简单统计 subseq 通过region/gtf/bed得到子序列,包括侧翼序列 tab2fx 转换表格格式为FASTA/Q格式 translate 翻译DNA/RNA到蛋白质序列(支持歧义碱基) version 打印版本信息并检查是否更新 ...
创建FASTA index file,并提取序列,比samtools faidx快,且功能多一点 二、格式转换 转FASTA/Q为表格格式,可附带序列长度,GC含量等信息,非常有用 转表格格式回FASTA/Q 转FASTQ为FASTA FASTQ质量编码相互转换(Sanger, Solexa and Illumina) 三、搜索 通过命令/序列/序列motif来搜索序列 ...
fastq 转换fasta seqkit fq2fa sample-1.fastq -o sample-1.fasta 1. 根据id 提取序列 fasta fastq好像也可以 seqkit grep sample-1.fasta -f id.list 1. id只是一部分好像也可以 比如我这里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignmen...
fastq到fasta的格式转换: seqkit fq2fa x.fq.gz -o x.fa.gz 以及建索引: seqkit faidx x.fa 查看fq文件: seqkit seq x.fq.gz 序列位点突变 seqkit mutate -p -1:x --quiet x.fasta #突变每条序列的最后一个位点为x 除此之外,Seqkit还有许多其他实用的Fasta/Fastq文件处理功能,期待大家进一步挖掘和分享...