格式转换: use awk : awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分: 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta...
抽空,30分钟搞定... TBtools 多了一个插件,小五 - “FastqToFasta”。 操作简单 当然,也支持少数序列的文本输入 写在最后 时间和精力,总是有限;我们只能尝试最好的安排。
Input format: fastq FASTQ files are a bit like FASTA files but also include sequencing qualities. In Biopython, 'fastq' refers to Sanger style FASTQ files which encode PHRED qualities using an ASCII offset of 33. See also the incompatible 'fastq-solexa' and 'fastq-illumina' variants. ...
fasta_to_fastq Convert FASTA and .qual to FASTQ filter Filter sequences to get a subset of them get_ids Get the ID of each sequence get_seq_flanking_gaps Gets the sequences flanking gaps interleave Interleaves two files, output is alternating between fwd/rev reads make_random_contigs Make ...
Abismal is a mapper of FASTQ bisulfite-converted short reads (between 50 and 1000 bases) to a FASTA reference genome. - smithlabcode/abismal
fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并 格式转换: use awk : awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分: 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中...
很多时候,文件太大(比如 10 Gb),那么上传到网页,网页服务器还要存储,如果只是做简单的分析,可能不太值得。 三十分钟搞定 抽空,30分钟搞定... TBtools 多了一个插件,小六 - “FastqToFasta”。 操作简单 当然,也支持少数序列的文本输入 写在最后 时间和精力,总是有限;我们只能尝试最好的安排。
尽可能在每天不保证抽出半个小时的时间往往是晚上在tbtools使用交流群中公布直播地址用户可以文字图片我个人语音截图有必要则屏幕共享回复使用问题 FastqtoFasta随手写个小插件,送给积极的用户朋友 写在前面 前述已经提及,为了更好地安排我个人的时间,我做了一下改变: 1.尽可能或者几乎不会在平日里文字回复 TBtools ...
Blast2Bam uses the XML results of Blastn, the reference and the fastQ or fasta file(s) to output a SAM file. - guyduche/Blast2Bam
A modern compressor for genomic files (FASTQ, SAM/BAM/CRAM, VCF, FASTA, GFF/GTF/GVF, 23andMe...), up to 5x better than gzip and faster too - divonlan/genozip