FASTA文件拆分: 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta 上面命令行中的红色的10和20可以换为其它数字 2.将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中, 这个是在网上看到的,链接在这里。
fastq转化为fasta 一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种): 1linux下直接: sed-n'1~4s/^@/>/p;2~4p'in.fastq>out.fasta2perl:perl-ne'y/@/>/;print($_.<>)&&<>&&<>'your_file.fastq>output_file.fasta3seqtk包下载(bioconda),再用: seqtk seq-Ainput_file.fastq>output_file.fasta4在线网址:...
Tophat中的gtf_to_fasta gtf_to_fasta transcripts.gtf genome.fa out_file 从GTF中提取转录本信息 利用AWK命令: sed 's/"/\t/g' mm10.gtf | awk -F '[\t|;]' '{ OFS="\t" } $3 == "transcript" {print $1,$4,$5,$10,0,$7} ' |sed 's/ transcript_id "//g'|sed 's/"//g...
引言：生物信息学文件多样，通常我们会遇到各种将不同格式进行转换或者把文件修改成我们想要的那种格式的...
fasta与fastq格式转换常用方式 fasta与fastq之间格式转换 一、awk命令 #1awk'{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}'XXX.fastq > XXX.fasta#2awk'NR%4==1||NR%4==2'selfSampleData/pacbio_filtered.fastq | sed's/^@/>/g'> reads.fa...
fastq_to_fasta:将fastq转换成fasta格式 fastq_quality_filter:根据质量值筛选过滤,质量值低于cutoff的将被过滤掉 fastq_quality_trimmer:根据质量值截取序列,质量值低的3’ end部分将会被截短,如果截取之后剩余长度不足最小长度阈值,则这条read将会被过滤掉 fastx_reverse_complement:取反向互补序列 fastx_collapser:...
(http://maq.sourceforge.net/) And many many others. However, It is sometimes more productive to preprocess the FASTA/FASTQ files before mapping the sequences to the genome - manipulating the sequences to produce better mapping results. The FASTX-Toolkit tools perform some of these preprocessing...
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据 fastq 之外,还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定...
sed segemehl sequence2gspan sklearn snpeff splitfasta sqlite_merger staging_area statistics stress_ng suspenders tapscan text_processing tgsgapcloser tiara tool_recommendation_model trim_galore twistdna uniprot_rest_interface visualise_annotation vt whisper wtdbg visualisations workflows .gitignore .tt...