AI代码助手复制代码 (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk'/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}'input.fasta AI代码助手复制代码 (3)fastq转换成fasta序列 zcat input_file.fastq.gz|awk 'NR%4==1{printf">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}'>output_file.fa AI代码助手复制代...
Fastq是一种包含DNA序列和对应质量值的文件格式,它通常用于存储测序数据。它包含四个部分:序列标识符(以“@”开头)、DNA序列、一个加号符号(+)和对应的质量值。而fasta文件格式则是一种比较简单的DNA序列文件格式,它包含一个序列标识符(以“>”开头)和对应的DNA序列。 在Linux系统中,我们可以使用一些命令和工具来...
FASTQ转换为FASTA nohup less-S../sample-1_L3_2.fq.gz|awk'{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}'>./sample-1_L3_2.fasta& 比对 $vi run_blast1.sh blastn \ -query sample-1_L3_2.fasta \ -db artificial.blastdb \ -out sample_results2.xls \ ...
linux命令处理fasta序列 (1)从一个文件a提取第10至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta (3)fast...
作业原文:fasta和fastq格式文件的shell小练习 | 生信菜鸟团 原始数据准备 #迅雷下载 #https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases/download/v2.4.1/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip cp ./Desktop/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip ./biosoft/bowtie2 ...
Linux 文件格式fasta/fastq/gff/gtf fasta pic1 pic1 fastq pic2 pic2 gff pic3,4 pic3 pic4 gtf pic5,6 pic5 pic6 按列隔开 column -t | less -S 不自动换行 pic7 代码语言:txt 复制 less -SN example.gtf | column -t | less -S