做数据比较的时候,由于同一个样本测序数据量不一致,需要抽取数据,控制数据量基本一致。 自己写脚本速度较慢,后面发现一个不错的工具:seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致,过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq, 配合参数 -s 设定随机种子,默认11; 配合参数 -f 设定抽取数据...
5.随机抽取序列,按照比例或者数量 -s设定随机种子,便于重复seqtk sample -s 10 test.fq 0.4 #比例 seqtk sample -s 10 test.fq 100 #数量6.重命名 会将序列id变为从1到n...seqtk rename in.fa <前缀> > out.fa7..fastq转换为fasta,支持压缩格式seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa.gz8...
注意,-s参数用于设定随机数种子,可以确保每次运行时选取的序列都是相同的。 5.将FASTQ文件转换为序列长度分布图: shell seqtk fqchk input.fastq > output.txt 这个命令将计算FASTQ文件中每个序列的长度,并生成一个分布图。 三、常见用例 Seqtk提供了许多实用的功能,适用于各种序列分析任务。下面是几个常见的用例:...
free(str->s); free(str); return h; }void stk_reg_destroy(reghash_t *h) { khint_t k; if (h == 0) return; for (k = 0; k < kh_end(h); ++k) { if (kh_exist(h, k)) { free(kh_val(h, k).a); free((char*)kh_key(h, k)); ...
Seqtk is a fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format. It seamlessly parses both FASTA and FASTQ files which can also be optionally compressed by gzip. Seqtk Examples Convert FASTQ to FASTA: seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa ...
Where, input.fasta or input.fastq are the name of your input FASTA/FASTQ files, and ids.txt contains the list of sequences IDs (one ID per line) to extract from the FASTA/FASTQ files.The ids.txt can also contains the sequence ID and specific sequence regions, similar to three column ...
Usage:seqtk sample[-2][-s seed=11]<in.fa><frac>|<number>#随机抽取序列,用法是seqtk sample fq/fa numOptions:-s INT RNG seed[11]#设置随机种子,默认11-22-passmode:twiceasslow butwithmuch reduced memory#占用更大的内存 $seqtk subseq ...
最近看到的很治愈的一段话: “人生是用来体验的,不是用来演绎完美的。我慢慢接受自己的迟钝和平庸,允许自己出错,允许自己偶尔断电,带着遗憾拼命绽放,放下焦虑,和不完美的自己和解,然后去爱那个完整的自...
中式办公空间处处渗透着与众不同的高贵气场。 大班台位于空间的中心, 董事长在这里办公及会客, 有交流区、洽谈区、休息区、饮茶区, 组成的日常生活与办公区域, 在劳累之余可以写写字、养养鱼、喝喝茶休息娱乐一下, 这样不仅可以放松自身, 同时对于董事长心境的提升也有很大的好处。
Seqtk is a fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format. It seamlessly parses both FASTA and FASTQ files which can also be optionally compressed by gzip. To install seqtk,git clone https://github.com/lh3/seqtk.git; cd seqtk; make...