抽取1000万条序列。 mkdir/home/llt/experiment/data/clean/subsamble_10m cd/home/llt/experiment/data/clean/subsamble_10m/home/llt/software/seqtk/seqtk sample-s100/mnt/d/BaiduYunDownload/MJ_cleandata/SS_G1.fastp.1.fq10000000>ssg1_10m.1.fq/home/llt/software/seqtk/seqtk sample-s100/mnt/d/BaiduYu...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取...
seqtk抽取测序数据 做数据比较的时候,由于同一个样本测序数据量不一致,需要抽取数据,控制数据量基本一致。 自己写脚本速度较慢,后面发现一个不错的工具:seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致,过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq, 配合参数 -s 设定随机种子,默认11; 配合参数 ...
为什么网上没有这个包的资料...总之翻译了一下官网的话.Python GTF 工具包 (pygtftk) 包旨在简化 GTF/GFF2.0 文件(基因传输格式)的处理。目前不支持 GFF3 文件格式。 pygtftk 包与Python >=3.5、<3.7兼容,并依赖于 libgtftk(一个用 C 编写的函数库).这里注意一下,gtf必须是ensembl格式的(gtf的e...
简介: Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录 Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录Seqtk安装# Conda也可git clone https://github.com/lh3/seqtk cd seqtk make1.将fastq 文件转换成fasta 文件seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列...
seqtk同样来自于生物信息大神李恒之手,被称为序列处理的瑞士军刀,可以方便处理日常序列分析中的小问题,例如将fq转换为fa,格式化序列,截取序列等这些问题并不难,但是可能需要编程完成,而seqtk已经集合了这些功能,一条命令就可以轻松完成,建议好好学习seqtk工具的使用,可以大大提高序列分析的效率。
`seqtk`是一个用于处理序列数据的工具,主要用于FASTA/FASTQ格式的文件。它提供了一系列命令行工具,用于快速处理和分析生物信息学数据。以下是一些常见的`seqtk`命令用法: 1.查看帮助信息 ```bash seqtk ``` 这会显示`seqtk`的基本用法和可用选项。 2.从FASTQ文件中提取序列 ...
#include <string.h> #include <unistd.h> #include <limits.h> #include <math.h>#include "kseq.h" KSEQ_INIT(gzFile, gzread)typedef struct { int n, m; uint64_t *a; } reglist_t;#include "khash.h" KHASH_MAP_INIT_STR(reg, reglist_t)typedef...
上次在只用一行颠覆你处理文件的方式里面说了可以用Seqtk来处理fasta/fastq文件。那么这一期就来讲讲怎么来使用seqtk。 Seqtk简介及安装 Seqtk是Heng Li(https://github.com/lh3)大神开发的一款用于处理fasta/fastq文件的工具,因其操作轻便且跨平台,继而受到广大科研人员的青睐,目前这个项目在github上已经被标星602次。
SeqTK是一种快速轻巧的工具,用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以无缝解析FASTQ和FASTA文件,也可以选择使用gzip对其进行压缩。