seqtk sample -s100 Sample_R1.fq.gz 10000 #可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 3.subseq 提取序列 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 根据输入的name list,提取相应名称序列: /m...
3. 根据reads ID 提取 reads seqtk subseq in.fq name.id > out.fq 4. 根据 bed 文件提取指定 reads seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 5.sample 随机抽样 seqtk sample -s100 read1.fq 10000> sub1.fq seqtk sample -s100 read2.fq 10...
可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 案例3:subseq 提取序列 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 根据输入的name list,提取相应名称序列: seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq 案例...
Now extract the specific region sequences from input.fasta based on sequence IDs and region coordinates using seqtk subseq,# extract single sequence seqtk subseq input.fa ids.txt >KU562861.1:2-10 GAGCAGGAG >CP097510.1:11-20 CGGTGTAGTC >MH150936.1:2-5 AGAA ...
seqtk subseq sample.fasta regions.txt 其中,regions.txt是一个文本文件,用于指定要提取的序列区域。每一行对应于一个区域,格式为"序列名:起始位置-结束位置"。 3. sample:用于从序列文件中随机抽取指定比例的序列。例如,下面的命令将从序列文件sample.fasta中随机抽取10的序列并输出到新的文件中: shell seqtk samp...
# 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseqin.fa reg.bed>out.fa # 根据输入的name list,提取相应名称序列: seqtk subseqin.fq name.lst>out.fq 4. 截取序列 代码语言:javascript 复制 # 切除reads的前5bp,以及后10bp: seqtk trimfq-b5-e10in.fq>out.fq...
一、安装 sudo apt-getinstall seqtk 二、用法 Seqtk主要功能都在这个选项中,也是最常用的几项: 1.sample 用于抽样 2.subseq提取序列 3.fqchkfastq质量评估 4.mergepe合并pairendreads 5.trimfq很明显是截取fastq 6.hety计算某个区域杂合性,筛选杂合位点 ...
2. subseq子命令前12碱基 $ zcat hairpin.fa.gz | seqkit subseq -r 1:12 后12碱基 zcat hairpin.fa.gz | seqkit subseq -r -12:-1 过滤前后12碱基 zcat hairpin.fa.gz | seqkit subseq -r 13:-13 通过gtf文件得到序列 seqkit subseq --gtf t.gtf t.fa 通过bed文件得到序列并移除重复序列 seqkit...
subseq子命令 前12碱基 $ zcat hairpin.fa.gz|seqkit subseq-r1:12后12碱基 zcat hairpin.fa.gz|seqkit subseq-r-12:-1过滤前后12碱基 zcat hairpin.fa.gz|seqkit subseq-r13:-13通过gtf文件得到序列 seqkit subseq--gtf t.gtf t.fa 通过bed文件得到序列并移除重复序列 ...
seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa # 根据输入的name list,提取相应名称序列: seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq 4. 截取序列 # 切除reads的前5bp,以及后10bp: seqtk trimfq -b 5 -e 10 in.fq > out.fq 更多使用方法参考: