seqtk sample -s100 Sample_R1.fq.gz 10000 #可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 3.subseq 提取序列 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 根据输入的name list,提取相应名称序列: /m...
seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq > out.fa 2. 得到互补序列 seqtk seq -r in.fq > out.fq # 此处的输入/输出文件也可以是fa格式 3. 根据reads ID 提取 reads seqtk subseq in.fq name.id > out.fq 4. 根据 bed 文件提取指定 reads seqtk ...
seqtk sample-s100 Sample_R1.fq.gz10000# 可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 3. subseq 提取序列 代码语言:javascript 复制 # 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseqin.fa reg.bed>out.fa # 根据输入的name li...
1.sample 用于抽样 2.subseq提取序列 3.fqchkfastq质量评估 4.mergepe合并pairendreads 5.trimfq很明显是截取fastq 6.hety计算某个区域杂合性,筛选杂合位点 1.gc识别高低gc区域 2.mutfa标记出高变区 3.mergefa合并fastq或者fasta文件 4.famask屏蔽fasta文件,比如将重复区用字母替换为X,这些区域不参与变异检测 ...
可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 案例3:subseq 提取序列 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa 根据输入的name list,提取相应名称序列: ...
2.3 subseq 用此指令提取序列. 可以观察到第一个参数是源文件,第二个参数是对应键名文件,我们根据name.list去提取文件. seqtk subseq genome.fa name.list | less -N 我们可以改变name.list的文件内容,让subseq提取不同位置的碱基.代码保持不变,获得的碱基不同了. ...
1. seq:用于从序列文件中提取指定区域的序列。例如,下面的命令将从序列文件sample.fasta中提取第1条序列的前100个碱基: shell seqtk seq -r 1:1-100 sample.fasta 2. subseq:用于提取指定区域的序列。与seq命令不同,subseq可以处理包含多条序列的Fasta文件。例如,下面的命令将从序列文件sample.fasta中提取第1条...
# 可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取的序列id号对应。 3. subseq 提取序列 # 根据输入的bed文件信息,将固定区域的序列提取出来: seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa # 根据输入的name list,提取相应名称序列: ...
2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取子序列 -l可设定输出的每行长度 ...
But subseq region is not suppored here. seqkit faidx tests/hairpin.fa hsa-let-7a-1 hsa-let-7a-2 #提取指定序列 -f 输出ID全名 1:10 输出相应位置序列5.fq转换faseqkit fq2fa reads_1.fq.gz -o reads_1.fa.gz6.将FASTA/Q转换为表格格式,并提供各种信息,如序列长度 GC...