seqkit grep -f ids.txt sequences.fasta 这里,-f选项指定了包含ID的文件。 检查提取结果,确保所需序列已被正确提取: 运行上述命令后,你将看到输出中包含与ids.txt中ID匹配的序列。你可以手动检查这些序列是否正确。 如果需要,将提取的序列保存到文件中: 如果你想将提取的序列保存到另一个文件中,例如extract...
1、cut:切分操作(可以切分出一整列) 2、grep:检索(可以使用正则表达式) 3、sort:排序(可以对整列排序) 4、wc:统计字符、字数、行数 5、uniq:去重(只去除连续的重复值) 6、tee:双向重定向 7、split:文件切分(按字节大小、按行等) 8、xargs:参数代换(结合pipe使用) 9、tr、替换、压缩和删除 2、具体操作...
1. seqkit 软件根据序列id，从fa文件中提取序列 conda install -c bioconda seqkit seqkit grep -f ge...
2.4. 根据ID提取序列 seqkit grep 参数 # 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG#...
seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 ...
# 提取1号染色体序列seqkit grep -p1Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa\-o Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.chr1.fa# 查看>开头信息cat Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa|grep'^>'# 提取2号染色体10000-10050碱基序列seqkit faidx Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa...
seqkit seq test.fa#查看 fa文件 seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列 seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除* seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列 seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID...
SeqKit2允许并忽略空的输入文件,从而使得使用SeqKit2的分析流程更加健壮。SeqKit2还能检测并提示一些常见的参数或输入数据的误用,比如新手可能将“>”或“@”符号作为序列名称的一部分用来在“grep”子命令中提取序列;“grep”检测到后将对用户进行提示。 方法...
seqkit grep-s-r-i-p^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep-f list test.fa>new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep-s-d-i-p TTSAA#简并碱基使用。S 代表Cor G.seqkit grep-s-R1:30-i-r-p GCTGG##匹配限定到某区域 motif定位
fa2fq:从FASTA文件中提取FASTQ文本。 fx2tab:将FASTQ/FASTA文件转换为表格格式,包含GC含量和质量等信息。 genautocomplete:生成shell自动完成脚本(bash、zsh、fish、powershell)。 grep:通过ID、名称、序列或motif搜索序列,允许不匹配。 head:提取前n条序列。 head-genome:打印第一个基因组的序列,名称中有共同的前缀...