seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2...
seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2...
seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
SeqKit是一款于2016年发布的Fastq操作工具,被誉为“跨平台超快综合工具包”。它不仅功能全面,而且速度极快,内存使用量低于同类工具。SeqKit支持所有主流操作系统,包括Windows、Linux和MacOSX,无需复杂的安装过程,即可直接使用。SeqKit的主要功能包括: common:使用相同的ID和序列提出序列。 fq2fa:将fastq文件转换为fasta...
1.fq2fa如其名,fastq文件转换为fasta文件 2.fx2tab将每条序列fa/fq转换为tab分割的一行格式,也可输出每条序列的一些基本信息。 -n只输出name行(去序列及质量),-i输出name行起使的id名 -l输出序列的长度,-g输出gc含量 -H输出文件的header表头 管道接csvtk可以接csvtk inter多个文件中的相同序列,csvtk join ...
fastq到fasta的格式转换: seqkit fq2fa x.fq.gz -o x.fa.gz 以及建索引: seqkit faidx x.fa 查看fq文件: seqkit seq x.fq.gz 序列位点突变 seqkit mutate -p -1:x --quiet x.fasta #突变每条序列的最后一个位点为x 除此之外,Seqkit还有许多其他实用的Fasta/Fastq文件处理功能,期待大家进一步挖掘和分享...
创建FASTA index file,并提取序列,比samtools faidx快,且功能多一点 二、格式转换 转FASTA/Q为表格格式,可附带序列长度,GC含量等信息,非常有用 转表格格式回FASTA/Q 转FASTQ为FASTA FASTQ质量编码相互转换(Sanger, Solexa and Illumina) 三、搜索 通过命令/序列/序列motif来搜索序列 ...
fastq 转换fasta seqkit fq2fa sample-1.fastq -o sample-1.fasta 1. 根据id 提取序列 fasta fastq好像也可以 seqkit grep sample-1.fasta -f id.list 1. id只是一部分好像也可以 比如我这里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignmen...