文章名字是:Single Cell triple omics sequencing reveals genetic and epigenetic heterogeneity in hepatocellular carcinoma 数据编号是:GSE65364 使用的样本是HepG2的样本:5个scTrio-seq样本和2个scRRBS-seq和一个bulkRRBS-seq 样本编号是:GSM2039756,GSM2039758,GSM2039760,GSM2039764,,GSM2039766,GSM2039767,GSM2039768...
为了分析scRRBS-seq数据，本分析流程分为以下步骤：第一步：数据下载 使用prefetch工具下载sra文件，随后将其转换为fastq格式，为后续数据准备与操作打下基础。第二步：数据预处理 应用trim_galore进行read端适配子去除及低质量碱基过滤。执行此步骤后，通过fastqc工具评估快速质量。第三步：构建基因组索引 借...
scRRBS-seq数据分析流程详解本文将介绍汤富酬团队开发的scTrio-seq技术中的scRRBS-seq部分，以GSE65364数据集为例，该数据集包含HepG2细胞的样本，包括5个scTrio-seq样本（GSM2039756-2039766）和2个单独的scRRBS-seq样本（GSM2039767和GSM2039768）以及一个bulkRRBS-seq样本（GSM2039772）。首先，数据获取：...