1. 相比常规BS-seq,scBS-seq在连接接头之前进行BS转化,这样就避免了连接接头之后的gDNA在BS转化过程中不必要的断裂损失。 2. scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向性。 显而易见,对于scBS-seq数据,比对参数应当按照非方向性文库来设置参数,而不...
相比常规BS-seq,scBS-seq在连接接头之前进行BS转化,这样就避免了连接接头之后的gDNA在BS转化过程中不必要的断裂损失。 scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向性。 显而易见,对于scBS-seq数据,比对参数应当按照非方向性文库来设置参数,而不能使用默认...
The utilization of single-cell bisulfite sequencing (scBS-seq) methods allows for precise analysis of DNA methylation patterns at the individual cell level, enabling the identification of rare populations, revealing cell-specific epigenetic changes, and improving differential...
目的本研究通过构建卵巢低反应(Poor Ovarian Response,POR)小鼠模型,评估针刺干预对POR小鼠卵母细胞质量的影响,同时利用单细胞亚硫酸氢盐测序的方法探究针刺是否会引起POR小鼠卵母细胞的DNA甲基化改变,以及为明确针刺治疗POR的作用机制提供表观遗传学思路.方法本研究将动情周期正常的40只雌性成年C57BL/6N小鼠随机分为4组...
2. scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向性。 显而易见,对于scBS-seq数据,比对参数应当按照非方向性文库来设置参数,而不能使用默认参数。使用默认参数就是最开始比对率低的原因了。
也就是说,对于常规BS-seq文库,它们都是方向性的,BSMAP的-n参数都应该设置为0;-bismark的--non_directional参数都应该设置为OFF(均为默认参数)。 那对于单细胞scBS-seq建库,文库是不是也是方向性的呢?是不是也只需要设置默认参数呢? 我们回顾一下scBS建库的流程[3]: 先将gDNA进行BS转换/片段化,然后添加带有9...
DNA methylation prediction on scBS-seq profiled mESCsPan, Gaofeng