1.相比常规BS-seq,scBS-seq在连接接头之前进行BS转化,这样就避免了连接接头之后的gDNA在BS转化过程中不必要的断裂损失。 2. scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向...
相比常规BS-seq,scBS-seq在连接接头之前进行BS转化,这样就避免了连接接头之后的gDNA在BS转化过程中不必要的断裂损失。 scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向性。 显而易见,对于scBS-seq数据,比对参数应当按照非方向性文库来设置参数,而不能使用默认...
The utilization of single-cell bisulfite sequencing (scBS-seq) methods allows for precise analysis of DNA methylation patterns at the individual cell level, enabling the identification of rare populations, revealing cell-specific epigenetic changes, and improving differential ...
We have recently reported a method for generating genome-wide DNAme maps from single cells, using single-cell bisulfite sequencing (scBS-seq), allowing the quantitative measurement of DNAme at up to 50% of CpG dinucleotides throughout the mouse genome. Here we present a detailed protocol for ...
目的本研究通过构建卵巢低反应(Poor Ovarian Response,POR)小鼠模型,评估针刺干预对POR小鼠卵母细胞质量的影响,同时利用单细胞亚硫酸氢盐测序的方法探究针刺是否会引起POR小鼠卵母细胞的DNA甲基化改变,以及为明确针刺治疗POR的作用机制提供表观遗传学思路.方法本研究将动情周期正常的40只雌性成年C57BL/6N小鼠随机分为4组...
意思是,一般常规Illumina的BS-seq文库都是具有方向性的文库,该参数应该设为OFF。 我们发现这个有关文库方向性的参数对比对速度的影响是很大的,因为它涉及到Reads是比两条链还是比四条链的问题。 那么什么是BS文库的方向性? 要解答这个问题,我们需要看一下BS-seq文库构建中序列变化: ...
1.相比常规BS-seq,scBS-seq在连接接头之前进行BS转化,这样就避免了连接接头之后的gDNA在BS转化过程中不必要的断裂损失。 2.scBS-seq在最开始使用随机引物进行了多轮随机PCR扩增,以此增加DNA产量,这个过程使得scBS文库已经不具有方向性。 显而易见,对于scBS-seq数据,比对参数应当按照非方向性文库来设置参数,而不能使...
DNA methylation prediction on scBS-seq profiled mESCsPan, Gaofeng