综上,该研究发展了一种单细胞多组学方法scRICA-seq,在单细胞水平实现了表观遗传学、RNA转录和剪接的整合分析,能够全面分析了染色质可及性、RNA表达和差异异构体选择之间的相关性。利用scRICA-seq,检测到了视网膜祖细胞(RPC)、视网膜神经元、感光细胞前体以及其他视网膜相关细胞类型的特异性基因和异构体表达模式,为进一步理解视网膜的发育机制奠定了基...
通过StationaryOT分析来计算 scr 细胞的命运概率最终发现scr 突变层细胞同时具有皮层和内皮层的特性。有意思的是, scr 突变层细胞在发育早期(分生区)主要是类似皮层,而成熟区的细胞呈现出内皮层的特性(图6-1)。 图6-1 scr 突变层细胞由皮层到内皮层的特性转变 为了在体内进一步对scRNA-seq得到的结论进行验证,作...
研究者将scRICA-seq应用于人类视网膜发育过程,构建了人类视网膜类器官的单细胞多组学图谱。基于单细胞异构体的聚类分析,确定了六个细胞簇,对应于六种典型的视网膜早期神经元,包括视网膜祖细胞(RPCs)、视网膜神经节细胞(RGCs)、无长突细胞/水平细胞(AC/HCs)、视锥细胞前体(PR precursors)、神经生成RPCs(neurogenic RPC...
对模拟菌群进行分选实验,结果表明,通过 16S PCR 产物的 Sanger 测序,所有 MDA 阳性细胞均为大肠杆菌特异性 16S rDNA 序列,SAG 的基因组完整性在 19.12% - 99.76% 之间,平均映射率为 35.21% - 47.53%,成功率在 40% - 70% 之间 ,空液滴作为阴性对照未检测到阳性结果,进一步支持了 FISH-scRACS-seq 的高特...
scReadSim, a single-cell RNA-seq and ATAC-seq read simulator that allows user-specified ground truths and generates synthetic sequencing reads (in a FASTQ or BAM file) by mimicking real data. At both read-sequence and read-count levels, scReadSim mimics real scRNA-seq and scATAC-seq data....
运用该scRACS-Seq体系,研究人员在中国山东省青岛崂山湾真光层海水中,识别和分选到一系列进行海洋原位固碳代谢的Pelagibacter属单细胞,来自于SAR11等类群。基于这些SAR11单细胞全基因组序列(覆盖度最高达到100%)的进化分析、基因功能预测与代谢途径重建表明:1)它们具有完整的类胡萝卜素合成途径,这印证了上述单细胞拉曼...
作家ScrseQ的作家主页 作家ScrseQ1 作品数 4120 创作字数 1 创作天数 火热连载0书友 陆玄修仙传 来阅文旗下网站阅读我的更多作品吧! 第二章 灵根测试 仙侠 4120 全部作品 2025 - 至今 陆玄修仙传 来阅文旗下网站阅读我的更多作品吧! 登录后获得更多特色功能· 立即登录 ...
Integrative analysis of scRNAs-seq and scATAC-seq revealed transit-amplifying thymic epithelial cells expressing autoimmune regulatordoi:10.1101/2021.10.04.463004Takahisa MiyaoMaki MiyauchiS. Thomas KellyTommy W. TerooateaTatsuya IshikawaEugene OhSotaro Hirai...
(1) The scRCAT-seq read distribution; (2) Location of the motifs which were associated with real TSSs/TESs around the peaks; (3) Sequence motifs possibly resulting in false-positive TSS/TES, such as the internal priming sites (see “Methods”) (Supplementary Table1). We implemented four ...
Conclusion: ScReQTL is relevant to the rapidly growing source of scRNA-seq data and can be applied to outline SNVs potentially contributing to cell type-specific and/or dynamic genetic interactions from an individual scRNA-seq dataset. Availability: https://github.com/HorvathLab/NGS/tree/master/...