1、该研究建立的INs-seq是一种用于大规模并行记录记录scRNA-seq和细胞内蛋白活性的新集成技术 2、INs-seq通过TF组合和代谢活性定义新的免疫亚群,并且通过分析免疫信号传导、转录因子组合和代谢活性的不同细胞内特征,证明了INs-seq在发现新免疫亚群方面的广泛效用。 3、在肿瘤内绘制 Arg1 细胞图谱揭示了新型 Trem2 ...
对于单细胞核转录组测序,作者对不同分群的上调基因进行了通路富集分析。随后发现了调节叶细胞增殖的关键转录因子(TF)网络。作者发现了AP2 TF可能参与调控叶细胞的总体分化。其表达受乙烯生物合成调控。作者推测乙烯-AP2信号调节花生叶片细胞的分化。乙烯可以通过激活AP2介导的转录导致分化。结合snRNA-seq和snATAC的分析,...
GENIE3 (GEne NetworkInference with Ensemble of trees) ,基于树的基因网络推理,是一种从基因表达数据推断基因调控网络的方法[3]。软件以单细胞基因表达量矩阵为输入文件,以每个目标基因 (gene) 为输出,以转录因子 (TF) 为输入,构建P个随机森林树(P=矩阵中基因数量),并计算每个TF与gene之间的重要性评分 (IM)...
作者发现异源恶性亚型由几群具有不同增殖和迁移潜能的亚群组成。细胞轨迹分析显示多个肿瘤相关途径和转录因子(TF)的组分沿PDAC进展差异性表达。此外,作者还发现具有独特增殖特征的导管细胞亚群与肿瘤浸润性T细胞的失活状态相关。总之,该研究结果为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源。 样本 24个原发性PDAC肿瘤病人...
表1记录了每个TF调控的靶基因及对应的调控强度(仅展示调控强度Top20的regulons)。TFs所调控的靶基因往往不止一个,如FOXA1可以调控靶基因SPON1、NTN1和SULF1。该部分结果将为后续筛选关键TFs提供一定的依据。 表1 TFs调控的靶基因及其调控强度 3.TFs调控强度热图 ...
此外,作者检测了上皮细胞中CDX2的上游调节TF(图中以红色显示),根据基因表达和TF基序的富集预测TF的下游靶点。通过对胃癌细胞系进行过表达实验,发现HOXA13可以上调CDX2,同时,CDX2的过度表达显示了HNF4A、HOXA13、NR5A2、NR1I2和CDX1的不同程度上调,并拉长了细胞的形状。根据这些结果,作者猜测HOXA13和CDX2在...
此外,作者检测了上皮细胞中CDX2的上游调节TF(图中以红色显示),根据基因表达和TF基序的富集预测TF的下游靶点。通过对胃癌细胞系进行过表达实验,发现HOXA13可以上调CDX2,同时,CDX2的过度表达显示了HNF4A、HOXA13、NR5A2、NR1I2和CDX1...
k. 热图显示来自三个样本组的调节性T细胞中选定基因集的表达,包括细胞毒性、幼稚、转录因子(TF)、常驻、细胞类型、耗尽和共刺激。 7. 原发性和转移性PDAC组织肿瘤微环境中细胞-细胞相互作用网络的动态 a. 热图说明NT、PT和HM样品中细胞-细胞相互作用模式。
DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用,从而产生一种功能分析工具,以从基因表达数据推断TF活性。通过不考虑TF本身的基因表达,而是考虑其直接转录靶标的mRNA水平来计算活性。 R包安装和载入 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("dorothea")## We...
SCENIC的分析预测了T细胞中转录因子的关键调控网络。RUNX3,GATA3,IRF4,TBX21和EOMES(五个核心TF)将成为控制LUAD-Tcell的核心枢纽(图4A-4B)。利用Cytoscape可视化预测的TFs及其靶基因,构建基因调控网络(图4C)。 图4 4.LUAD病变...