scRNASeqDB是一个专门收集人类单细胞测序数据的数据库,下面我将从基本概念、主要特点和功能、应用场景、访问和使用方式以及相关资源或参考文献等几个方面进行详细介绍。 1. 基本概念 scRNASeqDB(Single Cell RNA Sequencing Database)是一个由美国研究人员开发的第一个人类单细胞转录组数据库。它包含了从基因表达综合...
通过CellPhoneDB识别肿瘤和正常组织中可能存在的细胞相互作用。作者发现肿瘤细胞与基质细胞的相互作用比正常或肿瘤样上皮细胞更多, Mφ_APOE和TASC之间的分子相互作用在GC中主导了TME网络。 Fib_1表达了丰富的肿瘤细胞生长因子,其中HGF-MET...
(3)SCENIC分析:我们可以与SCENIC分析的regulons找重合TF及靶基因,也算是两个分析结果的相互验证,也可以更进一步的缩小调控网络的研究范围。 (4)细胞互作:我们可以先通过cellphoneDB研究细胞间的配受体关系来找到有互作关系的细胞对,然后结合下游软件CellSign,用以分析受体潜在影响的转录因子,这为胞外信号和胞内信号的...
(网址:https://db.cngb.org/cdcp/) 图6| 单细胞共享数据库平台 CDCP 图7| 数据库CNGB database 5、 华大单细胞实验技术流程 scRNA-seq 1)单细胞悬液制备:将样品制备成单细胞悬液、调整合适的单细胞悬液浓度 2)单细胞分离:通过液滴微流控口吸管进行液滴生成,捕...
具体来说,如果要考虑配体和受体的结构组成,CellPhoneDB是首选。如果需要考虑辅助因子(如启动子和拮抗剂)的调控,可以选择CellChat来提高性能。 13. 细胞周期阶段预测 单细胞悬液中的每个细胞都处于细胞周期的特定阶段:DNA合成前期(G1期)、DNA合成期(S期)、DNA合成后期(G2期)或有丝分裂期(M期),每群细胞都混合着...
(4)细胞互作:我们可以先通过cellphoneDB研究细胞间的配受体关系来找到有互作关系的细胞对,然后结合下游软件CellSign,用以分析受体潜在影响的转录因子,这为胞外信号和胞内信号的联系提供了方法,这可能更有利于对细胞通讯的深入理解。 单细胞测序和关联分析都可以联系基迪奥客户~ ...
识别调节子的一个重要资源是TF目标数据库。AnimalTFDB、JASPAR、TRRUST、KnockTF和Cistrome DB揭示的转录调控关系是广泛应用的TF注释数据库,涵盖了大多数人类和小鼠TF。 结合单细胞基因表达和综合的TF靶信息,已经开发了许多推断调节子和TF活性的方法,包括共表达分析(如WGCNA)、SCENIC、SCODE、SINCERITIES和机器学习的方法...
为了促进上述研究,已知的配体-受体相互作用 (LRIs) 已被手动整理并存储在数据库中。迄今为止,LRIs数据库已经相当多了,包括CellPhoneDB、ICELLNET、CellTalkDB、SingleCellSignalR 和 Omnipath。 最近,基于scRNA-seq数据预测CCC的计算方法不断发展。CCC推理工具可根据其特殊性分为三大类:即基于网络的(NicheNet、CCCExpl...
作者对参与胃癌的各种细胞类型之间复杂的通讯网络进行剖析。通过CellPhoneDB识别肿瘤和正常组织中可能存在的细胞相互作用。作者发现肿瘤细胞与基质细胞的相互作用比正常或肿瘤样上皮细胞更多, Mφ_APOE和TASC之间的分子相互作用在GC中主导了TME网络。 Fib_1表达了丰富的肿瘤细胞生长因子,其中HGF-MET和FGF7-FGFR4轴被许多...
结果发现雄性个体中T细胞数量减少,而Kupffer细胞增多(Fig.4a);CellPhoneDB分析显示免疫与非免疫细胞间的交流减弱,且与Kupffer细胞招募和炎症相关的PTPRC和MRC1受体-配体对表达增加,IHC实验验证了这一结果(Fig.4b)。拟时分析显示单核细胞主要分化为Kupffer细胞和DC细胞(Fig.4c);且主要与TNF-α通过NF-κB信号传导和...