3.3.5 基因组(FASTA GTF) 要比对您的reads,您还需要参考基因组,在许多情况下还需要基因组注释文件(采用GTF或GFF格式)。这些可以从任意的主要基因组学数据库下载:Ensembl,NCBI或UCSC Genome Browser。 GTF文件包含基因,转录本和外显子的注释。它们一定包含:(1)seqname:chromosome / scaffold(2)source:这个注释来自...
scRNA-seq的标准格式为SingleCellExperiment。😘Note!Seurat包有其自己的格式,即Seurat格式,可能因为Seurat太火了吧,越来越多的包都开始兼容Seurat格式的文件了。😂 我们拿到的数据通常是一个feature-by-sample的表达矩阵。 在scRNA-seq分析中,我们一般需要从counts矩阵开始分析,代表每个cell的feature的reads/UMI。feat...
scRNA-seq的标准格式为SingleCellExperiment。 Note!Seurat包有其自己的格式,即Seurat格式,可能因为Seurat太火了吧,越来越多的包都开始兼容Seurat格式的文件了。 我们拿到的数据通常是一个feature-by-sample的表达矩阵。 在scRNA-seq分析中,我们一般需要从counts矩阵开始分析,代表每个cell的feature的reads/UMI。feature可以...
目录 ⊙引言—关于课程 ⊙scRNA-seq 简介 ⊙scRNA-seq 原始数据的质控 正文 处理原始 scRNA-seq 数据 3.3 文件格式3.3.1 FastQC FastQ 是您将遇到的最原始形式的 scRNASeq 数据。所有 scRNASeq 方案都使用配对末端测序进行测序。Barcode 序列可以在 一个或两个 reads 中发生,这取决于所采用的 protocol 。然而,...
处理原始scRNA-seq数据 3.3 文件格式 3.3.1 FastQC FastQ是您将遇到的最原始形式的scRNASeq数据。所有scRNASeq方案都使用配对末端测序进行测序。Barcode序列可以在一个或两个reads中发生,这取决于所采用的protocol 。然而,使用独特分子标识符(UMI)的protocol 通常包含一个带有细胞和UMI barcode 和 adapters 但没有任何...
处理原始scRNA-seq数据 3.3 文件格式 3.3.1 FastQC FastQ是您将遇到的最原始形式的scRNASeq数据。所有scRNASeq方案都使用配对末端测序进行测序。Barcode序列可以在一个或两个reads中发生,这取决于所采用的protocol 。然而,使用独特分子标识符(UMI)的protocol 通常包含一个带有细胞和UMI barcode 和 adapters 但没有任何...