数据格式一:FASTQ FASTQ文件可以直接通过FastQC进行质控分析。 数据格式一:BCL 对于BCL格式可以使用10x工具cellranger mkfastq,将BCL文件转换为FASTQ文件,转换需要提供csv矩阵文件(包含lane、sample和index三列数据),转换之后的FASTQ文件同样可采用FastQC进行质控。 单细胞RNA-seq数据分析总览 单细胞RNA-seq数据分析总览 1....
scRNA-seq的标准格式为SingleCellExperiment。😘Note!Seurat包有其自己的格式,即Seurat格式,可能因为Seurat太火了吧,越来越多的包都开始兼容Seurat格式的文件了。😂 我们拿到的数据通常是一个feature-by-sample的表达矩阵。 在scRNA-seq分析中,我们一般需要从counts矩阵开始分析,代表每个cell的feature的reads/UMI。feat...
CCA整合方法是目前应用最多方法,是Seurat自带的,大多数情况以及够用了,效果也还可以,但是对于较大数据集,耗时较长,占内存也较大。目前,Seurat官网在此基础上推荐reference-based,也就是指定参考数据集进行整合,但对于自产数据集,一般根本无法预先知道哪个样本效果最好,这种reference-based的思路更适合数据挖掘类的研究。
1.Introduction scRNA-seq包提供了一个方便的途径来获得公开的数据集,这些数据集是以SingleCellExperiment 格式存储的。 library(SingleCellExperiment)library(scRNAseq) fluidigm <-ReprocessedFluidigmData() fluidigm 查看表达数据矩阵: assay(fluidigm) 回到顶部 2. Available data sets 可获得的数据集可以分为两类,第...
scRNA-seq—读入数据详解 学习目标 了解如何导入单细胞rna-seq实验的数据。 质量控制 流程 在量化基因表达之后,我们需要将该数据导入R,以生成用于执行QC的矩阵。在本课中,我们将讨论盘点数据可以采用的格式,以及如何将其读入R,以便我们可以继续工作流程中的QC步骤。我们还将讨论我们将使用的数据集和相关的元数据...
FASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录组测序) DNA-Seq(基因组测序) ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序) 单细胞 RNA-Seq(如 10x Genomics 平台生成的单细胞测序数据) 全外显子组测序、小片段测序等...
我们以前就提到过:很多出名的单细胞数据集,比如Pollen et al. 2014 数据集,本质上属于地址为https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.datasets/human/tissues/,的宝藏网页。 也就是说,很多单细胞转录组数据集,都是被scRNAseq包整理好了,比如Pollen et al. 2014 数据集,使用scRNAseq包的函数ReprocessedFluidigmDa...
Dataset是类似于数组的数据集,而group是类似文件夹一样的容器,存放dataset和其他group。为了有直观地印象,可以把H5文件想想成一个文件系统,一个h5的最顶层是‘/’,然后是不同的组‘group’,每个组下面是数据‘dataset’,格式类似如下: +-- / | +-- group1 ...
获取公开的人类单细胞基因表达数据集（scRNA-seq 数据集）极大地促进了科学家们对复杂生物系统和各种疾病病因的了解。然而，可访问性的提高也引起了人们对捐赠细胞的个人隐私以及他们的私人健康信息在未经同意的情况下被共享的可能性的更大关注。以前有关这些隐私泄露的研究主要集中在批量基因表达——测量来自组织或样本...