安装Toolkits,使用prefetch下载SRA数据库的fastq数据细胞× 基因表达矩阵一般不会对fastq文件进行分析,需要先通过软件将fastq文件转化为 细胞 × 基因表达矩阵(一般为10x / h5ad文件),一般最常用的是Cell ranger,后面会讲解使用教程。其他工具还有:STARsolo,Doublets等等。
做scRNAseq分析,用到的是varscan软件和annova数据库。 annova数据库下载地址:ANNOVAR website 下载之后,输入以下代码,下载人类基因突变数据库: annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar...
具有一体化、高产能、样本制备产能高、数据产出能力强、信息化自动化程度高、数据挖掘能力强、经验丰富,解离组织类型多样等优势。 数据库构建 基于单细胞组学合作重大项目,华大构建 了复 杂的单细胞共享数据平台 CDCP (Cell-omics Data Coordinate Platform),提供单细胞分析工具...
第一类是基于标记基因的,这依赖于公共数据库或文献中细胞类型特异性标记的可用性。CellMarker和PanglaoDB是常用的在线资源,此外,开发了TF标记物数据库,用于为人类提供细胞或组织特异性TF和相关标记物。同时,已经开发了许多工具来将标记基因用于细胞类型注释,例如ScType、scSorter、SCINA、scCATCH和CellAssign。 第二组方法...
Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具,能做细胞类型鉴定、发现新细胞类型、注释连续细胞状态。这个网站由北京大学的研究团队研发,今年7月份相关论文发布在在《Nature Communications》这一数据库为有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究提供了新的工具和资源。
不难想象,今后科研课题组、研究中心中将产生对相关专业人才的极大需求,单细胞分析数据的结果为设计开展新的研究内容和方向提供指引,也将成为科研人员的基本技能。 1 为了让科研小白和代码小白也能顺利开展承担单细胞测序数据的分析能力,我们精心设计了一套基于R语言的完整版单细胞RNA测序分析课程《单细胞测序实战》。
精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院生物信息中心(CBI)、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的研究团队在《Na...
通过使用嵌入信息,DeepCCI将细胞聚类为几个组。然后,开发团队手动策划了一个名为LRIDB的综合信号分子相互作用数据库,用于与多亚基的L–R相互作用。根据LRIDB,DeepCCI预测给定scRNA-seq数据中任何一对簇之间的细胞间串扰。此外,DeepCCI提供了几个可视化输出,以显示每个细胞簇与其他细胞簇的交互强度或具体程度。
在CellMarker数据库中,资源较多的CTS基因表明一致性较好。GeneMarkeR是另一个数据库,从已发表的结果中提供人工整理的CTS基因。它将出版物中的标记基因统计数据转换为从0到1的“标记基因评分”。一个健壮的CTS基因应该具有大于0.5的标记基因...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ ...