安装Toolkits,使用prefetch下载SRA数据库的fastq数据细胞× 基因表达矩阵一般不会对fastq文件进行分析,需要先通过软件将fastq文件转化为 细胞 × 基因表达矩阵(一般为10x / h5ad文件),一般最常用的是Cell ranger,后面会讲解使用教程。其他工具还有:STARsolo,Doublets等等。
做scRNAseq分析,用到的是varscan软件和annova数据库。 annova数据库下载地址:ANNOVAR website 下载之后,输入以下代码,下载人类基因突变数据库: annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar...
做单细胞数据分析时,我们常常用到不同时期或不同测序平台的数据,即使是同样的细胞类型也可能不能聚类到一个细胞群中” 精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基...
第一类是基于标记基因的,这依赖于公共数据库或文献中细胞类型特异性标记的可用性。CellMarker和PanglaoDB是常用的在线资源,此外,开发了TF标记物数据库,用于为人类提供细胞或组织特异性TF和相关标记物。同时,已经开发了许多工具来将标记基因用于细胞类型注释,例如ScType、scSorter、SCINA、scCATCH和CellAssign。 第二组方法...
不难想象,今后科研课题组、研究中心中将产生对相关专业人才的极大需求,单细胞分析数据的结果为设计开展新的研究内容和方向提供指引,也将成为科研人员的基本技能。 1 为了让科研小白和代码小白也能顺利开展承担单细胞测序数据的分析能力,我们精心设计了一套基于R语言的完整版单细胞RNA测序分析课程《单细胞测序实战》。
一个常用的PPI数据库是STRING数据库。STRING数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。蛋白质之间的相互作用包括了直接的物理相互作用和间接的功能相关性。
在CellMarker数据库中,资源较多的CTS基因表明一致性较好。GeneMarkeR是另一个数据库,从已发表的结果中提供人工整理的CTS基因。它将出版物中的标记基因统计数据转换为从0到1的“标记基因评分”。一个健壮的CTS基因应该具有大于0.5的标记基因...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ ...
4. SRA: NCBI SRA 数据库存放格式 SRA是一个数据库,NCBI为了解决高通量数据庞大的存储能力,设计的一种数据压缩方案 一般使用fastq-dump和fasterq-dump来将其转换成Fastq格式数据,才能做后续数据分析 5. fastq:高通量数据存放格式 保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分都由单个...
大多数注释(例如Cell Ranger使用的注释)的线粒体基因名称都以MT-开头。但出于某种原因,我们发现的那个基因没有。注释问题通常很常见,应始终给予重视。在上述例子中,我们也无法找到基因的位置,因为org.Hs.eg.db不支持染色体定位——该数据库中没有基因组位置列: ...