安装Toolkits,使用prefetch下载SRA数据库的fastq数据细胞× 基因表达矩阵一般不会对fastq文件进行分析,需要先通过软件将fastq文件转化为 细胞 × 基因表达矩阵(一般为10x / h5ad文件),一般最常用的是Cell ranger,后面会讲解使用教程。其他工具还有:STARsolo,Doublets等等。
做scRNAseq分析,用到的是varscan软件和annova数据库。 annova数据库下载地址:ANNOVAR website 下载之后,输入以下代码,下载人类基因突变数据库: annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar...
做单细胞数据分析时,我们常常用到不同时期或不同测序平台的数据,即使是同样的细胞类型也可能不能聚类到一个细胞群中” 精确的单细胞转录组(scRNA-seq)数据检索和注释需要:1. 克服数据集之间的批次效应;2. 跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基...
然后,开发团队手动策划了一个名为LRIDB的综合信号分子相互作用数据库,用于与多亚基的L–R相互作用。根据LRIDB,DeepCCI预测给定scRNA-seq数据中任何一对簇之间的细胞间串扰。此外,DeepCCI提供了几个可视化输出,以显示每个细胞簇与其他细胞簇的交互强度或具体程度。 DeepCCI的性能测试 开发团队通过将DeepCCI应用于几个公...
不难想象,今后科研课题组、研究中心中将产生对相关专业人才的极大需求,单细胞分析数据的结果为设计开展新的研究内容和方向提供指引,也将成为科研人员的基本技能。 1 为了让科研小白和代码小白也能顺利开展承担单细胞测序数据的分析能力,我们精心设计了一套基于R语言的完整版单细胞RNA测序分析课程《单细胞测序实战》。
第一类是基于标记基因的,这依赖于公共数据库或文献中细胞类型特异性标记的可用性。CellMarker和PanglaoDB是常用的在线资源,此外,开发了TF标记物数据库,用于为人类提供细胞或组织特异性TF和相关标记物。同时,已经开发了许多工具来将标记基因用于细胞类型注释,例如ScType、scSorter、SCINA、scCATCH和CellAssign。
1. 数据集的获取和下载 从GEO数据库下载scRNA-seq数据集GSE140228。分别从TCGA,ICGC和GEO数据库下载TCGA-LIHC数据集,ICGC-LIRI数据集和GSE14520数据集的转录组数据,临床数据和CNV数据。此外,从GEO数据库下载8个GEO数据集。 2. scRNAseq数据集分析 为了从单细胞水平揭示CD45+ 免疫细胞的动态变化,作者使用t-SNE进行...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ ...
4. SRA: NCBI SRA 数据库存放格式 SRA是一个数据库,NCBI为了解决高通量数据庞大的存储能力,设计的一种数据压缩方案 一般使用fastq-dump和fasterq-dump来将其转换成Fastq格式数据,才能做后续数据分析 5. fastq:高通量数据存放格式 保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分都由单个...
以标签为中心的方法可以用于具有高置信度细胞注释的数据集,例如人类细胞图谱(HCA)或Tabula Muris,将新样本中的细胞或cluster映射到此参考上,以考虑组织成分和/或识别具有新/未知身份的细胞。从概念上讲,这种映射类似于流行的BLAST方法,该方法可以快速在数据库中找到与新识别的核苷酸或氨基酸序列最接近的匹配。以标签为...