下载截图 3. fastq-dumq拆分SRA为fastq文件 10X单细胞数据相对比较复杂,其测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。因此需要对SRA文件进行拆分以获取上述文件,拆分需要使用fastq-dump软件,为sra-tool工具中的软件之一。 fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列...
scRNAseq分析【seuratData包及数据集的下载】 1 2 3 4 library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#https://github.com/satijalab/seurat-data LoadData("ifnb")好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 Stellaself 粉丝- 0 关注- 2 +加关注 0 0 升级...
摘要:本发明涉及生物信息学中的数据挖掘,特别是涉及对单细胞RNA测序数据的挖掘。具体涉及通过深度学习的方法对单细胞RNA测序数据进行维度压缩以及聚类,来达到有效识别细胞种群的目的。本发明的方法包括对scRNA‑seq数据进行收集和预处理;构建图神经网络模型;使用构建的模型对预处理过的数据进行降维;对降维后的结果进行聚...