scRNAseq分析【seuratData包及数据集的下载】 1 2 3 4 library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#https://github.com/satijalab/seurat-data LoadData("ifnb")好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 Stellaself 粉丝- 0 关注- 2 +加关注 0 0 升级...
用于单细胞RNA-seq数据 提供严格的质量控制:将原始测序读数处理为可用于下游分析的高质量表达数据集 提供了丰富的绘图工具套件 R包地址:http://bioconductor.org/packages/scater 二、工作流 三、常用函数 plotColData 代码语言:javascript 复制 # 导入包suppressMessages(library(scater))suppressMessages(library(scRNAseq...
scRNAseq-AML 急性髓细胞白血病数据集的单细胞分析 点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:11 积分 电信网络下载 ecble-tool.apk 2024-11-02 17:44:08 积分:1 ArcGIS-Runtime-SDK-DotNet-100-15-5.vsix 2024-11-02 03:39:09 积分:1 FME模板演示:提取CAD扩展属性,以提取地物编码为例 2024-11-02 03...
首先需要下载并且安装这个包: source("https://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("scRNAseq") #biocLite("scone") 这个包内置的是Pollen et al. 2014 数据集,而且只挑选 65个人类细胞,分成3类,分别是 pluripotent stem cells 分化而成的 ne...
1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F:/scRNA-seq/Seurat4.0") # 下载PMBC数据 download.file("https://cf.10xgenomics.com/samples...
biocLite("scRNAseq") #biocLite("scone") 这个包内置的是Pollen et al. 2014 数据集,而且只挑选 65个人类细胞,分成3类,分别是 pluripotent stem cells 分化而成的 neural progenitor cells (“NPC”) ,还有 “GW16” and “GW21” ,“GW21+3”这种孕期细胞。
四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分 五、备用工作流程 一、介绍 前置知识:原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 使用Seurat包来运行,主要实现两个功能: 通过marker基因计算细胞周期评分 基于评分在预处理过程中,减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响 ...
Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02,Seurat学习一、创建Seurat对象使用的示例数据集来自10XGenome测序的PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)。library(dplyr)library(Seurat)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="../data/pbmc3k/...
scRNAseq包更新动作太大 我以前是这样介绍 scRNAseq 这个 R包中的数据集: 这个包内置的是 Pollen et al. 2014 数据集,人类单细胞细胞,分成4类,分别是 pluripotent stem cells 分化而成的 neural progenitor cells (“NPC”) ,还有 “GW16” and “GW21” ,“GW21+3” 这种孕期细胞,理解这些需要一定的生物...
也就是说,很多单细胞转录组数据集,都是被scRNAseq包整理好了,比如Pollen et al. 2014 数据集,使用scRNAseq包的函数ReprocessedFluidigmData() 就可以下载该数据集: library(scRNAseq) fluidigm <- ReprocessedFluidigmData() fluidigm 这个包 里面的全部数据集如下; ...