SEQ:read 序列 11. QUAL:read 质量 可以使用 samtools 将 BAM / SAM 文件转换为其他格式: samtools view -S -b file.sam > file.bam samtools view -h file.bam > file.sam 一些测序设备会自动将您的 read 比对到标准基因组,并提供 BAM 或 CRAM 格式的文件。通常它们不会在基因组中包含 ERCC 序列,...
数据格式一:FASTQ FASTQ文件可以直接通过FastQC进行质控分析。 数据格式一:BCL 对于BCL格式可以使用10x工具cellranger mkfastq,将BCL文件转换为FASTQ文件,转换需要提供csv矩阵文件(包含lane、sample和index三列数据),转换之后的FASTQ文件同样可采用FastQC进行质控。 单细胞RNA-seq数据分析总览 单细胞RNA-seq数据分析总览 1...
scRNA-seq的标准格式为SingleCellExperiment。😘Note!Seurat包有其自己的格式,即Seurat格式,可能因为Seurat太火了吧,越来越多的包都开始兼容Seurat格式的文件了。😂 我们拿到的数据通常是一个feature-by-sample的表达矩阵。 在scRNA-seq分析中,我们一般需要从counts矩阵开始分析,代表每个cell的feature的reads/UMI。feat...
1. 数据格式：scRNA-seq原始数据通常为FASTQ或BCL格式，前者需通过FastQC进行质量控制，后者则通过cellranger的mkfastq工具处理为FASTQ，再进行质控。2. 数据分析：首先，通过比对软件（如STAR）将FASTQ数据与参考基因组匹配，利用GTF文件进行基因分类。质控是为了剔除低质量细胞，关键指标包括基因数量、UMI数量...
FASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录组测序) DNA-Seq(基因组测序) ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序) 单细胞 RNA-Seq(如 10x Genomics 平台生成的单细胞测序数据) 全外显子组测序、小片段测序等...
1. 单细胞RNA-seq样本数据说明 样本数据来源文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(由I类HLA转录丢失引起的对联合免疫疗法的获得性癌症抗性) 文章链接:nature.com/articles/s41 患者2586-4和9245-3样本 Cell ranger的使用 数据GSE信息 2. 单细胞数据...
处理原始scRNA-seq数据 3.3 文件格式 3.3.1 FastQC FastQ是您将遇到的最原始形式的scRNASeq数据。所有scRNASeq方案都使用配对末端测序进行测序。Barcode序列可以在一个或两个reads中发生,这取决于所采用的protocol 。然而,使用独特分子标识符(UMI)的protocol 通常包含一个带有细胞和UMI barcode 和 adapters 但没有任何...
1. 可直接使用的数据格式 SingleCellExperiment SummarizedExperiment 2. 获得SingleCellExperiment数据格式 需要的R包:Seurat load("/home/zhiyong/Desktop/Feature_over_2000/Human_REP1_RPL35_KD_25uM_3_200_filtered_feature_over_2000.RData")object_used<-Human_REP1_RPL35_KD_25uM_3_200_filtered_feature_...
就像稀疏矩阵,看起来与普通矩阵无异,但内部存储结构却截然不同。所以,了解了内部原理,不论给予什么样的数据,咱们都可以拼凑出想要的数据格式,比如h5、loom等格式读取为矩阵,感兴趣可以阅读具体之前的帖子[scRNAseq:h5文件转化为matrix表达矩阵]、[一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)]。