这八个亚型跟scRNA-seq鉴定到的分群结果相吻合,从而确认了Patch-seq方法的有效性。 Patch-seq的分析适用于离子通道和受体基因研究,可以预测神经生理学表型。跟鲜活细胞的scRNA-seq相比,Patch-seq捕获到的基因显然更少,通量相对更低,然而正因为有不同的单细胞测序方法,使得从单细胞尺度上深入分析分子特征、形态和异常...
Arabidopsis Root Atlas (A. thaliana) 随着技术的进步,scRNA-seq方法学层出不穷,自首次报道后的技术发展,我们可以看到随着技术的进步,scRNA-seq可以检测到更多的细胞。 但需要说明一下,不同的技术各有其优缺点,还是老观点,新技术不一定是最好,选适合你的就行了。🧐 3scRNA-seq的样品制备 3.1 经典protocol 通...
Arabidopsis Root Atlas (A. thaliana) 随着技术的进步,scRNA-seq方法学层出不穷,自首次报道后的技术发展,我们可以看到随着技术的进步,scRNA-seq可以检测到更多的细胞。 但需要说明一下,不同的技术各有其优缺点,还是老观点,新技术不一定是最好,选适合你的就行了。 scRNA-seq的样品制备 3.1 经典protocol 通常来...
Arabidopsis Root Atlas (A. thaliana) 随着技术的进步,scRNA-seq方法学层出不穷,自首次报道后的技术发展,我们可以看到随着技术的进步,scRNA-seq可以检测到更多的细胞。 但需要说明一下,不同的技术各有其优缺点,还是老观点,新技术不一定是最好,选适合你的就行了。🧐 3scRNA-seq的样品制备 3.1 经典protocol 通...
五花八门的protocol,你pick哪一个? 虽然scRNA-seq能被用来回答多个方面的生物学问题(例如细胞群体异质性, 识别罕见细胞亚群, 发育谱系等), 但需要注意我们所得到的结果可能会因为采用的技术平台不同而发生变化。根据不同的文库制备方法,主要有两种RNA序列(same as reads or tags)的获取方式:3’-end sequencing(应...
起源自Drop-Seq技术 横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads,第一个纵向道输入细胞 当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上,然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道(“油管”)。这时就会形成一个个的油滴GEMs(一个油滴就是一个凝胶微珠,也就是一个单细胞),然后收集在EP管中 每一个凝胶微珠都布满了不同的Barcod...
Q1:不同protocol有什么区别,优缺点是什么? Q2:在进行scRNA-seq的实验设计时,要考虑哪些问题? Q3:与bulk RNA-seq的数据相比,scRNA-seq数据有什么不同? 定量方法 目前我们常见的转录本定量方法有两种,full-length和tag。 2.1 full-length full-length实现整个转录本的count,而tag的只capture5'或3'端。
五花八门的protocol,你pick哪一个? 虽然scRNA-seq能被用来回答多个方面的生物学问题(例如细胞群体异质性, 识别罕见细胞亚群, 发育谱系等), 但需要注意我们所得到的结果可能会因为采用的技术平台不同而发生变化。根据不同的文库制备方法,主要有两种RNA序列(same as reads or tags)的获取方式:3’-end sequencing(应...
现有的统计模型几乎都假设scRNA-seq是对单个细胞中mRNA分子的随机抽样,然而,尤其是当数据来自不同单细胞protocol时,真实的抽样率却呈现基因特异性偏倚。当涉及到跨样本差异表达分析时,如果样本来自同一建库测序方法,一般来说,这种基因特异性的抽样偏倚就影响不大;反之,跨平台样本的差异表达分析就会出现问题。
这个dataset不仅使用了unique molecular identifiers(UMIs),还使用了ERCC spike-ins。但是!现在大部分droplet为基础的protocol已经不使用ERCC了,只在一些低通量的方法中作为control使用。 # 注意assays必须是matrix umi <- SingleCellExperiment( assays = list(counts = as.matrix(counts)), ...