RNA velocyto的概念通过利用新转录的、未剪接的前 mRNA 和成熟的剪接 mRNA 可以在常见的 scRNA-seq protocol中区分的事实,使定向动态信息的恢复成为可能,前者可通过内含子的存在检测。假设一个简单的每个基因反应模型将未剪接和剪接 mRNA 的丰度联系起来,可以推断出 mRNA 丰度的变化,称为 RNA velocyto。正 RNA veloc...
RNA velocyto的概念通过利用新转录的、未剪接的前 mRNA 和成熟的剪接 mRNA 可以在常见的 scRNA-seq protocol中区分的事实,使定向动态信息的恢复成为可能,前者可通过内含子的存在检测。假设一个简单的每个基因反应模型将未剪接和剪接 mRNA 的丰度联系起来,可以推断出 mRNA 丰度的变化,称为 RNA velocyto。正 RNA veloc...
使用 10x Chromium protocol对细胞进行测序,并在严格过滤后保留 24,080 个高质量细胞用于下游分析(12pcw:4099、13pcw:7168、14pcw:3530、15pcw:1664、18pcw:2171、19pcw:3827、20pcw:1621). scRNA-seq 数据的无监督聚类揭示了不同的腺泡细胞、导管细胞、内分泌细胞、内皮细胞、成红细胞、免疫细胞、间充质细胞...
与原始 PNMF 相比,scPNMF 的一个独特功能是基础选择:scPNMF uses correlation screening and multimodality testing to remove the bases that cannot reveal potential cell clusters in the input scRNA-seq dataset.scPNMF 有两个功能:(1)给定预先指定的基因编号和 scRNA-seq 数据集,scPNMF 根据其权重矩阵选择信...
基于10x的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某些细胞根本...
scRNA-seq (antibody hashtag) visum - Spatial transcriptome scATAC-seq Perturb-seq (CRISPR library) 可玩性非常高,特别是结合具体的临床医学问题。 分析所使用的工具: cellranger 【分析常规scRNA-seq,antibody hashtag,Perturb-seq】 spaceranger 【visum空间转录组数据】 ...
高通量单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为探索复杂人类癌症中细胞异质性的有力工具。使用新鲜人类手术组织的scRNA-seq研究在逻辑上是困难的,排除了样本的组织病理学分诊,并限制了进行批处理的能力。这种阻碍往往会在整合患者数据集时引入技术偏倚,增加实验成本。尽管之前已经探索了组织保存方法来解决这类问题,但它尚待在...
微量细胞转录组测序(smart-seq)价格:价格电议产品详情:单细胞转录组测序( scRNA-seq)是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将样本组织分离成单细胞悬液,并... 用途:科研 品牌:艾普蒂生物 产地:湖北武汉 是否进口:否 湖北艾普蒂生物工程有限公司刘女士 ...
所谓定制分析,就是某些分析必须基于项目的生物学背景做出调整。对于这样的分析,生信公司必须与客户开展配合,无法用一套标准流程蒙头完成所有工作。 对于10X Genomics ScRNA-seq,常见的定制化分析请见下表。从表中可以看出,对基础分析内容基于生物学背景进行解析,是后续定制分析的基础,必须由生信公司与客户通力配合才能做好...
有一个方法,which is strongly recommended for all scRNA-seq实验,那就是使用spike-in,而spike-in最广泛的就是ERCC。有些实验的protocol,使用3‘或5’端的特征序列(unique melocular identifier, UMI)来当barcode,但还是同时加上spike-in的好,加上spike-in之后,这种实验方法可以帮助后期分析绕开扩增中产生的...