因此,scRNA-Seq数据细胞聚类将面临以下计算挑战:稀疏性、高噪音、高维度。 |常见方法 细胞聚类的目标是根据细胞中各个基因表达模式的相似性(或距离)将一组细胞分组变成大类,使得这些大类成为有数学意义的亚群,这是scRNA-Seq数据挖掘的一个重要步骤和目标。目前有几种不同类型的scRNA-Seq细胞聚类算法,其中常用的方法...
本文利用CellTrek整合了scRNA-seq和stereo-seq在腭增殖期(E12.5)、腭融合期(E14.5)和腭发育完成期(E16.5)的数据集,建立了小鼠腭发育过程中的转录组调控景观。 【文献案例二】 期刊:Molecular Cancer 影响因子:27.7 单细胞技术:数据库公开scRNA与ST数据; 癌症相关成纤维细胞(CAFs)是一种异质性细胞群,在重塑肿瘤微...
scRNA-seq 测序结果显示,肾脏组织中共获得了 10 个细胞类群,但肾小球细胞类型缺失,此外,其中一个细胞类群主要由人为解离诱导的应激反应基因组成。相比之下,snRNA-seq 捕获了多种在 scRNA-seq 数据集中不存在的肾脏细胞类型,包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细胞。同时也未检测到应激反应基因。与已发表的 scRNA-se...
一般一个人类scrna-seq 能检测到～25k基因,于是基因表达数据也被称为高维数据。我们知道, 并不是所有的基因都会表达,并且由于单细胞测序技术的限制,不是所有的转录分子都能被成功捕获,再加上测序深度的差异, 每个细胞中约能检测到10%～50%的转录分子,这导致了许多基因计数为0. 虽然通过数据的预处理我们能过滤掉...
研究人员采用 scRNA-seq 技术对成人骨髓和胎儿肝脏造血进行分析研究,发现 HSCs 和多能祖细胞(MPP)的亚群具有协同表达的标记基因;此外,成人骨髓表型 HSPCs 的 scATAC-seq 数据表明表型 MPPs 在染色质可及性方面存在差异。然而 HSCs 潜在的命运决定机制目前仍尚不清楚。
scRNA-seq,全称为单细胞转录组测序技术(Single Cell RNA Sequencing),是一种对单个细胞的基因表达进行检测和分析的方法 2楼2023-12-29 08:44 回复 BAGN 通过该方法可以深入了解每个单独的细胞类型、揭示其功能和调控机制以及发现新的潜在药物靶点等,因此在生物医药领域具有广泛的应用前景 3楼2023-12-29 08:44...
我本人也是刚接触scRNA-seq,所以写的东西可能比较小白,还请大家多指导。最近阅读的一篇nb上的文章,写一点东西,一方面给自己,一方面大家一起交流,闷着肯定不行。 MNN,英文全称mutual nearest neighbor,互近邻,互就是互相的,近邻就是最近的邻居。这个MNN用在这里还是非常的贴切。MNN主要思想就是找到不同批次中相同的细...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析系统是由南京高新精准医学科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1035973,属于分类,想要查询更多关于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
基本信息 软件名称高通量scRNA-seq快速推断肿瘤细胞软件 软件简称scEntroy_v1版本号V1.0 登记号2024SR0634878分类号- 著作权人天津诺禾致源生物信息科技有限公司首次发表日期- 登记日期2024-05-11 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 ...