细胞聚类的目标是根据细胞中各个基因表达模式的相似性(或距离)将一组细胞分组变成大类,使得这些大类成为有数学意义的亚群,这是scRNA-Seq数据挖掘的一个重要步骤和目标。目前有几种不同类型的scRNA-Seq细胞聚类算法,其中常用的方法是K-means,它迭代发现k-cluster的中心,并通过欧氏距离最小化将每个单元分配到最近的单元。
为了探索微生物群在调节和塑造脾脏中的作用,本文采用基于无菌(GF)小鼠的scRNA-seq和Stereo-seq技术检测了脾脏组织大小、解剖结构、细胞类型、功能和空间分子特征的差异。文章使用CARD对小鼠的空间细胞类型进行了共定位。 03RCTD RCTD【4】(Robust cell-type decomposition),是一种空间反卷积工具,整合了统计学模型,能够...
scRNA-seq 测序结果显示,肾脏组织中共获得了 10 个细胞类群,但肾小球细胞类型缺失,此外,其中一个细胞类群主要由人为解离诱导的应激反应基因组成。相比之下,snRNA-seq 捕获了多种在 scRNA-seq 数据集中不存在的肾脏细胞类型,包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细胞。同时也未检测到应激反应基因。与已发表的 scRNA-se...
一般一个人类scrna-seq 能检测到~25k基因,于是基因表达数据也被称为高维数据。我们知道, 并不是所有的基因都会表达,并且由于单细胞测序技术的限制,不是所有的转录分子都能被成功捕获,再加上测序深度的差异, 每个细胞中约能检测到10%~50%的转录分子,这导致了许多基因计数为0. 虽然通过数据的预处理我们能过滤掉...
伯豪生物官网新消息,单细胞测序技术(ATAC-Seq 与 scRNA-Seq)在胚胎发育过程研究提供研究支持。 伯豪生物单细胞测序技术服务面向科研领域与临床领域工作者,单细胞测序技术服务哪家强,中国上海找伯豪。 在胚胎发育过程中,造血干细胞(HSCs)需要迅速分化为成熟的血细胞。当前主要通过小鼠和体外模型系统来了解胎儿造血干 / ...
scRNA-seq,全称为单细胞转录组测序技术(Single Cell RNA Sequencing),是一种对单个细胞的基因表达进行检测和分析的方法 2楼2023-12-29 08:44 回复 BAGN 通过该方法可以深入了解每个单独的细胞类型、揭示其功能和调控机制以及发现新的潜在药物靶点等,因此在生物医药领域具有广泛的应用前景 3楼2023-12-29 08:44...
我本人也是刚接触scRNA-seq,所以写的东西可能比较小白,还请大家多指导。最近阅读的一篇nb上的文章,写一点东西,一方面给自己,一方面大家一起交流,闷着肯定不行。 MNN,英文全称mutual nearest neighbor,互近邻,互就是互相的,近邻就是最近的邻居。这个MNN用在这里还是非常的贴切。MNN主要思想就是找到不同批次中相同的细...
软件名称 纽科生物scRNA-seq测序在线分析云平台软件 软件简称 - 版本号 V1.0 登记号 2024SR1569356 分类号 - 著作权人 上海纽科生物科技有限公司 首次发表日期 2024-08-22 登记日期 2024-10-21 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 1 2024-11-25 纽科生物ST-seq测序在线分析云平台软...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析系统是由南京高新精准医学科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1035973,属于分类,想要查询更多关于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!